Paquet : bwa (0.7.17-8~0exp et autres)

[ Paquet source : bwa  ]

Paquet « expérimental »

Avertissement : ce paquet appartient à la distribution expérimentale. Cela signifie qu'il peut être instable ou bogué et peut éventuellement causer des pertes de données. Assurez-vous de consulter le journal des modifications (changelog) et les autres documentations existantes avant de l'utiliser.

dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

BWA est un paquet logiciel pour mettre en correspondance des séquences à faible divergence avec un grand génome de référence tel que le génome humain. Il est constitué de trois algorithmes : BWA-backtrack, BWA-SW et BWA-MEM. Le premier algorithme est conçu pour les lectures de séquences Illumina jusqu'à 100 paires de bases, alors que les deux autres sont conçus pour des lectures de séquences allant de 70 à 1 000 paires de bases. BWA-MEM et BWA-SW partagent des fonctionnalités communes telles que la prise en charge des lectures longues et des alignements de découpages (« split alignment »), mais BWA-MEM, plus récent, est généralement recommandé pour les requêtes de haute qualité, car il est plus rapide et plus précis. BWA-MEM a également de meilleures performances que BWA-backtrack pour les lectures Illumina de 70 à 100 paires de bases.

Étiquettes: Biologie: Protéines, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Interface utilisateur: Ligne de commande, interface::text-mode, role::program, But: Analyse, Comparaison

Autres paquets associés à bwa

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• sug: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Télécharger bwa

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.7.17-8~0exp	222,1 ko	577,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.7.17-8~0exp	207,2 ko	452,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.7.17-8~0exp	188,8 ko	448,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.7.17-8~0exp	190,6 ko	431,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.7.17-8~0exp	190,1 ko	319,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.7.17-8~0exp	225,9 ko	512,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.7.17-8~0exp	231,7 ko	523,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.7.17-8~0exp	291,1 ko	962,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.7.17-8~0exp	203,9 ko	471,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.7.17-8~0exp	201,2 ko	527,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.7.17-8~0exp	216,9 ko	576,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.7.17-8~0exp	226,8 ko	576,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.7.17-8~0exp+b1	214,5 ko	376,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.7.17-8~0exp	190,3 ko	464,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.7.17-8~0exp	272,9 ko	448,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.7.17-8~0exp	182,5 ko	1 092,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.7.17-8~0exp	218,3 ko	471,0 ko	[liste des fichiers]