Package: seqan-raptor (3.0.1+ds-5 and others)

[ Source: seqan-raptor  ]

Præfilter til at forespørge meget store samlinger af nukleotidsekvenser

Raptor er et system for omtrentligt at søge i mange forespørgsler som f.eks næstegenerations sekventeringslæsninger eller transskriptioner i store samlinger af nukleotidsekvenser. Raptor bruger winnowing-minimeringsprogrammer til at definere et sæt af repræsentative k-mer'er, en forlængelse af de indflettede Bloom-filtre (IBF'er) som en fastsat medlemsdatastruktur og sandsynlighedstærskelværdi for minimeringsprogrammer. Denne fremgangsmåde tillader komprimering og partitionering af IBF'en for at aktivere effektiv brug af sekundær hukommelse.

Other Packages Related to seqan-raptor

• dep: libbz2-1.0

  højkvalitets bloksorteringsfilpakningsbibliotek - kørselstid

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [arm64, ppc64el]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [not arm64, ia64, ppc64el, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 12) [ia64]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not arm64, ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: libxxhash0 (>= 0.6.5) [sparc64]

  Delt bibliotek for xxhash

• dep: libyaml-cpp0.7 (>= 0.7.0) [sparc64]

  YAML-fortolker og udsender for C++

• dep: libyaml-cpp0.8 (>= 0.7.0) [not ia64, ppc64, sparc64]

  YAML-fortolker og udsender for C++

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: cwl-runner

  virtual package provided by cwltool, toil

Download seqan-raptor

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.0.1+ds-5	579.4 kB	2,362.0 kB	[list of files]
amd64	3.0.1+ds-5	646.1 kB	2,087.0 kB	[list of files]
arm64	3.0.1+ds-5+b1	575.5 kB	1,976.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.0.0.0.git.fecfbca+ds-3	695.6 kB	4,733.0 kB	[list of files]
mips64el	3.0.1+ds-5	529.1 kB	2,319.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.0.0+ds-2	458.7 kB	1,831.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.0.1+ds-5	633.6 kB	2,359.0 kB	[list of files]
riscv64	3.0.1+ds-5+b1	620.9 kB	1,560.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	3.0.1+ds-2	473.3 kB	2,111.0 kB	[list of files]