Пакет: seqan-raptor (3.0.1+ds-5 и други)

[ Източник: seqan-raptor  ]

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

Raptor is a system for approximately searching many queries such as next-generation sequencing reads or transcripts in large collections of nucleotide sequences. Raptor uses winnowing minimizers to define a set of representative k-mers, an extension of the interleaved Bloom filters (IBFs) as a set membership data structure and probabilistic thresholding for minimizers. This approach allows compression and partitioning of the IBF to enable the effective use of secondary memory.

Други пакети, свързани с seqan-raptor

• dep: libbz2-1.0

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [arm64, ppc64el]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [не arm64, ia64, ppc64el, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libstdc++6 (>= 12) [ia64]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не arm64, ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: libxxhash0 (>= 0.6.5) [sparc64]

  shared library for xxhash

• dep: libyaml-cpp0.7 (>= 0.7.0) [sparc64]

  YAML parser and emitter for C++

• dep: libyaml-cpp0.8 (>= 0.7.0) [не ia64, ppc64, sparc64]

  YAML parser and emitter for C++

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  compression library - runtime

• sug: cwl-runner

  виртуален пакет, предлаган от cwltool, toil

Изтегляне на seqan-raptor

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	3.0.1+ds-5	579,4 кБ	2 362,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	3.0.1+ds-5	646,1 кБ	2 087,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	3.0.1+ds-5+b1	575,5 кБ	1 976,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	2.0.0.0.git.fecfbca+ds-3	695,6 кБ	4 733,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	3.0.1+ds-5	529,1 кБ	2 319,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	3.0.0+ds-2	458,7 кБ	1 831,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	3.0.1+ds-5	633,6 кБ	2 359,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	3.0.1+ds-5+b1	620,9 кБ	1 560,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	3.0.1+ds-2	473,3 кБ	2 111,0 кБ	[списък на файловете]