Paketti: seqan-raptor (3.0.1+ds-9 ja muut)

[ Source: seqan-raptor  ]

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

Raptor is a system for approximately searching many queries such as next-generation sequencing reads or transcripts in large collections of nucleotide sequences. Raptor uses winnowing minimizers to define a set of representative k-mers, an extension of the interleaved Bloom filters (IBFs) as a set membership data structure and probabilistic thresholding for minimizers. This approach allows compression and partitioning of the IBF to enable the effective use of secondary memory.

Muut pakettiin seqan-raptor liittyvät paketit

• dep: libbz2-1.0

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, loong64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, loong64, ppc64el]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, mips64el, ppc64, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libstdc++6 (>= 12) [ia64]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [ei ia64, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: libxxhash0 (>= 0.6.5) [sparc64]

  shared library for xxhash

• dep: libyaml-cpp0.7 (>= 0.7.0) [sparc64]

  YAML parser and emitter for C++

• dep: libyaml-cpp0.8 (>= 0.7.0) [ei ia64, ppc64, sparc64]

  YAML parser and emitter for C++

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• sug: cwl-runner

  näennäispaketti, jonka toteuttaa cwltool, toil

Imuroi seqan-raptor

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	3.0.1+ds-9	590.3 kt	2,427.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	3.0.1+ds-9	679.0 kt	2,216.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	3.0.1+ds-9	576.8 kt	2,040.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	2.0.0.0.git.fecfbca+ds-3	695.6 kt	4,733.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	3.0.1+ds-9	621.1 kt	2,040.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	3.0.1+ds-9	550.2 kt	2,448.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	3.0.0+ds-2	458.7 kt	1,831.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	3.0.1+ds-9	656.0 kt	2,424.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	3.0.1+ds-9	653.2 kt	1,616.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	3.0.1+ds-2	473.3 kt	2,111.0 kt	[tiedostoluettelo]