Pacote: seqan-raptor (3.0.1+ds-9 e outros)

[ Fonte: seqan-raptor  ]

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

Raptor is a system for approximately searching many queries such as next-generation sequencing reads or transcripts in large collections of nucleotide sequences. Raptor uses winnowing minimizers to define a set of representative k-mers, an extension of the interleaved Bloom filters (IBFs) as a set membership data structure and probabilistic thresholding for minimizers. This approach allows compression and partitioning of the IBF to enable the effective use of secondary memory.

Outros pacotes relacionados a seqan-raptor

• dep: libbz2-1.0

  bib. de alta qualid. de compactação de arqs. bas. em ordenação de blocos - exec

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, ia64, loong64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, loong64, ppc64el]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, mips64el, ppc64, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 12) [ia64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [não ia64, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: libxxhash0 (>= 0.6.5) [sparc64]

  biblioteca compartilhada para o xxhash

• dep: libyaml-cpp0.7 (>= 0.7.0) [sparc64]

  YAML parser and emitter for C++

• dep: libyaml-cpp0.8 (>= 0.7.0) [não ia64, ppc64, sparc64]

  YAML parser and emitter for C++

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• sug: cwl-runner

  pacote virtual fornecido por cwltool, toil

Download de seqan-raptor

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	3.0.1+ds-9	590.3 kB	2,427.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	3.0.1+ds-9	679.0 kB	2,216.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	3.0.1+ds-9	576.8 kB	2,040.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	2.0.0.0.git.fecfbca+ds-3	695.6 kB	4,733.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	3.0.1+ds-9	621.1 kB	2,040.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	3.0.1+ds-9	550.2 kB	2,448.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	3.0.0+ds-2	458.7 kB	1,831.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	3.0.1+ds-9	656.0 kB	2,424.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	3.0.1+ds-9	653.2 kB	1,616.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	3.0.1+ds-2	473.3 kB	2,111.0 kB	[lista de arquivos]