Paquet : seqan-raptor (3.0.1+ds-9 et autres)

[ Paquet source : seqan-raptor  ]

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

Raptor is a system for approximately searching many queries such as next-generation sequencing reads or transcripts in large collections of nucleotide sequences. Raptor uses winnowing minimizers to define a set of representative k-mers, an extension of the interleaved Bloom filters (IBFs) as a set membership data structure and probabilistic thresholding for minimizers. This approach allows compression and partitioning of the IBF to enable the effective use of secondary memory.

Autres paquets associés à seqan-raptor

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, loong64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, loong64, ppc64el]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, mips64el, ppc64, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 12) [ia64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non ia64, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: libxxhash0 (>= 0.6.5) [sparc64]

  bibliothèque partagée pour xxhash

• dep: libyaml-cpp0.7 (>= 0.7.0) [sparc64]

  YAML parser and emitter for C++

• dep: libyaml-cpp0.8 (>= 0.7.0) [non ia64, ppc64, sparc64]

  YAML parser and emitter for C++

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: cwl-runner

  paquet virtuel fourni par cwltool, toil

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	3.0.1+ds-9	590,3 ko	2 427,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	3.0.1+ds-9	679,0 ko	2 216,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	3.0.1+ds-9	576,8 ko	2 040,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.0.0.0.git.fecfbca+ds-3	695,6 ko	4 733,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	3.0.1+ds-9	621,1 ko	2 040,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	3.0.1+ds-9	550,2 ko	2 448,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	3.0.0+ds-2	458,7 ko	1 831,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	3.0.1+ds-9	656,0 ko	2 424,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	3.0.1+ds-9	653,2 ko	1 616,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	3.0.1+ds-2	473,3 ko	2 111,0 ko	[liste des fichiers]