Пакунок: seqan-raptor (3.0.1+ds-9 and others)

[ Source: seqan-raptor  ]

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

Raptor is a system for approximately searching many queries such as next-generation sequencing reads or transcripts in large collections of nucleotide sequences. Raptor uses winnowing minimizers to define a set of representative k-mers, an extension of the interleaved Bloom filters (IBFs) as a set membership data structure and probabilistic thresholding for minimizers. This approach allows compression and partitioning of the IBF to enable the effective use of secondary memory.

Інші пакунки пов'язані з seqan-raptor

• dep: libbz2-1.0

  Стискання файлів за алгоритмом Барроуза-Уїлера — виконавчий модуль

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, loong64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, loong64, ppc64el]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, mips64el, ppc64, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 12) [ia64]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not ia64, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: libxxhash0 (>= 0.6.5) [sparc64]

  shared library for xxhash

• dep: libyaml-cpp0.7 (>= 0.7.0) [sparc64]

  YAML parser and emitter for C++

• dep: libyaml-cpp0.8 (>= 0.7.0) [not ia64, ppc64, sparc64]

  YAML parser and emitter for C++

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• sug: cwl-runner

  virtual package provided by cwltool, toil

Завантажити seqan-raptor

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	3.0.1+ds-9	590.3 kB	2,427.0 kB	[список файлів]
amd64	3.0.1+ds-9	679.0 kB	2,216.0 kB	[список файлів]
arm64	3.0.1+ds-9	576.8 kB	2,040.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	2.0.0.0.git.fecfbca+ds-3	695.6 kB	4,733.0 kB	[список файлів]
loong64 (unofficial port)	3.0.1+ds-9	621.1 kB	2,040.0 kB	[список файлів]
mips64el	3.0.1+ds-9	550.2 kB	2,448.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	3.0.0+ds-2	458.7 kB	1,831.0 kB	[список файлів]
ppc64el	3.0.1+ds-9	656.0 kB	2,424.0 kB	[список файлів]
riscv64	3.0.1+ds-9	653.2 kB	1,616.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	3.0.1+ds-2	473.3 kB	2,111.0 kB	[список файлів]