Пакет: nanopolish (0.13.2-3)

[ Източник: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Други пакети, свързани с nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [не armel, armhf, mipsel, ppc64el]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не arm64]

  compression library - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [arm64]

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  utility for directing compilation

• sug: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

Изтегляне на nanopolish

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	2 199,8 кБ	9 539,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2 130,2 кБ	9 334,0 кБ	[списък на файловете]
armel	2 126,7 кБ	9 405,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	2 141,1 кБ	8 985,0 кБ	[списък на файловете]
i386	2 247,0 кБ	9 797,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2 140,4 кБ	9 757,0 кБ	[списък на файловете]
mipsel	2 163,9 кБ	9 796,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2 202,2 кБ	9 795,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2 134,3 кБ	9 626,0 кБ	[списък на файловете]