Paket: tiddit (3.6.1+dfsg-1 ve diğerleri)

[ Kaynak: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

tiddit ile İlgili Diğer Paketler

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Paket mevcut değil

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU C Library: Shared libraries
  ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, ppc64]

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.11) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (<< 3.13) [ia64, x32]

  dep: python3 (<< 3.14) [hppa, ia64, ppc64, x32 değil]

  dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.12~) [hppa, ia64, ppc64 değil]

• dep: python3-joblib [hppa, ppc64 değil]

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy [hppa, ppc64 değil]

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pysam [hppa, ppc64 değil]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

tiddit indir

Tüm mevcut mimariler için indir

Mimari	Sürüm	Paket Boyutu	Kurulu Boyut	Dosyalar
alpha (resmi olmayan port)	3.6.1+dfsg-1+b3	394,2 kB	2.810,0 kB	[dosya listesi]
amd64	3.6.1+dfsg-1+b3	483,7 kB	2.560,0 kB	[dosya listesi]
arm64	3.6.1+dfsg-1+b4	346,0 kB	2.408,0 kB	[dosya listesi]
armel	3.6.1+dfsg-1+b3	374,8 kB	2.232,0 kB	[dosya listesi]
armhf	3.6.1+dfsg-1+b3	391,8 kB	1.572,0 kB	[dosya listesi]
hppa (resmi olmayan port)	2.12.2+dfsg-1+b1	228,8 kB	906,0 kB	[dosya listesi]
i386	3.6.1+dfsg-1+b3	417,0 kB	2.544,0 kB	[dosya listesi]
ia64 (resmi olmayan port)	3.6.1+dfsg-1+b1	478,9 kB	3.466,0 kB	[dosya listesi]
m68k (resmi olmayan port)	3.6.1+dfsg-1+b3	363,2 kB	2.100,0 kB	[dosya listesi]
mips64el	3.6.1+dfsg-1+b3	329,4 kB	2.711,0 kB	[dosya listesi]
ppc64 (resmi olmayan port)	2.12.2+dfsg-1+b1	225,3 kB	1.232,0 kB	[dosya listesi]
ppc64el	3.6.1+dfsg-1+b3	366,6 kB	2.984,0 kB	[dosya listesi]
riscv64	3.6.1+dfsg-1+b3	403,6 kB	1.744,0 kB	[dosya listesi]
sh4 (resmi olmayan port)	3.6.1+dfsg-1+b3	569,1 kB	2.392,0 kB	[dosya listesi]
x32 (resmi olmayan port)	3.6.1+dfsg-1+b2	314,7 kB	1.256,0 kB	[dosya listesi]