Пакет: tiddit (3.6.1+dfsg-2 и други)

[ Източник: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Други пакети, свързани с tiddit

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Пакетът не е наличен

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, ppc64]

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.11) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (<< 3.13) [ia64]

  dep: python3 (<< 3.14) [не hppa, ia64, ppc64]

  dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.13~) [не hppa, ia64, ppc64]

• dep: python3-joblib [не hppa, ppc64]

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy [не hppa, ppc64]

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-numpy2-abi0 [не hppa, ia64, ppc64]

  виртуален пакет, предлаган от python3-numpy

  или python3-numpy-abi9

  виртуален пакет, предлаган от python3-numpy

• dep: python3-pysam [не hppa, ppc64]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Изтегляне на tiddit

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	3.6.1+dfsg-2+b2	272,0 кБ	1 557,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	3.6.1+dfsg-2+b1	322,3 кБ	1 376,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	3.6.1+dfsg-2+b1	255,1 кБ	1 292,0 кБ	[списък на файловете]
armel	3.6.1+dfsg-2+b1	267,6 кБ	1 412,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	3.6.1+dfsg-2+b1	273,3 кБ	1 156,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	2.12.2+dfsg-1+b1	228,8 кБ	906,0 кБ	[списък на файловете]
i386	3.6.1+dfsg-2+b1	299,6 кБ	1 368,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	3.6.1+dfsg-1+b1	478,9 кБ	3 466,0 кБ	[списък на файловете]
loong64 (неофициална архитектура)	3.6.1+dfsg-2+b2	275,6 кБ	1 484,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	3.6.1+dfsg-2+b1	241,6 кБ	1 130,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	3.6.1+dfsg-2+b1	236,9 кБ	1 511,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	2.12.2+dfsg-1+b1	225,3 кБ	1 232,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	3.6.1+dfsg-2+b1	277,3 кБ	1 548,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	3.6.1+dfsg-2+b1	295,9 кБ	964,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	3.6.1+dfsg-2+b1	389,4 кБ	1 284,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	3.6.1+dfsg-2+b1	335,3 кБ	1 316,0 кБ	[списък на файловете]