Pakiet: tiddit (3.6.1+dfsg-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Inne pakiety związane z tiddit

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, ppc64]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

  dep: python3 (<< 3.11) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (<< 3.13) [ia64, x32]

  dep: python3 (<< 3.14) [nie hppa, ia64, ppc64, x32]

  dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.12~) [nie hppa, ia64, ppc64]

• dep: python3-joblib [nie hppa, ppc64]

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy [nie hppa, ppc64]

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pysam [nie hppa, ppc64]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Pobieranie tiddit

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-1+b3	394,2 KiB	2 810,0 KiB	[lista plików]
amd64	3.6.1+dfsg-1+b3	483,7 KiB	2 560,0 KiB	[lista plików]
arm64	3.6.1+dfsg-1+b4	346,0 KiB	2 408,0 KiB	[lista plików]
armel	3.6.1+dfsg-1+b3	374,8 KiB	2 232,0 KiB	[lista plików]
armhf	3.6.1+dfsg-1+b3	391,8 KiB	1 572,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.12.2+dfsg-1+b1	228,8 KiB	906,0 KiB	[lista plików]
i386	3.6.1+dfsg-1+b3	417,0 KiB	2 544,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-1+b1	478,9 KiB	3 466,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-1+b3	363,2 KiB	2 100,0 KiB	[lista plików]
mips64el	3.6.1+dfsg-1+b3	329,4 KiB	2 711,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.12.2+dfsg-1+b1	225,3 KiB	1 232,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	3.6.1+dfsg-1+b3	366,6 KiB	2 984,0 KiB	[lista plików]
riscv64	3.6.1+dfsg-1+b3	403,6 KiB	1 744,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-1+b3	569,1 KiB	2 392,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-1+b2	314,7 KiB	1 256,0 KiB	[lista plików]