Paquet : tiddit (3.6.1+dfsg-2 et autres)

[ Paquet source : tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Autres paquets associés à tiddit

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Paquet indisponible

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, ppc64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.11) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (<< 3.13) [ia64]

  dep: python3 (<< 3.14) [non hppa, ia64, ppc64]

  dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.12~) [non hppa, ia64, ppc64]

• dep: python3-joblib [non hppa, ppc64]

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy [non hppa, ppc64]

  bibliothèque de Python pour des calculs numériques – Python 3

• dep: python3-numpy2-abi0 [non hppa, ia64, ppc64]

  paquet virtuel fourni par python3-numpy

  ou python3-numpy-abi9

  paquet virtuel fourni par python3-numpy

• dep: python3-pysam [non hppa, ppc64]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Télécharger tiddit

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	3.6.1+dfsg-2+b1	422,0 ko	3 067,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	3.6.1+dfsg-2	483,4 ko	2 559,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	3.6.1+dfsg-2	345,9 ko	2 407,0 ko	[liste des fichiers]
armel	3.6.1+dfsg-2	375,0 ko	2 519,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	3.6.1+dfsg-2	392,1 ko	1 751,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.12.2+dfsg-1+b1	228,8 ko	906,0 ko	[liste des fichiers]
i386	3.6.1+dfsg-2	417,1 ko	2 543,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	3.6.1+dfsg-1+b1	478,9 ko	3 466,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	3.6.1+dfsg-2	363,3 ko	2 099,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	3.6.1+dfsg-2	326,5 ko	2 710,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.12.2+dfsg-1+b1	225,3 ko	1 232,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	3.6.1+dfsg-2	366,7 ko	2 983,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	3.6.1+dfsg-2	403,9 ko	1 743,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	3.6.1+dfsg-2	568,8 ko	2 391,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	3.6.1+dfsg-2	517,7 ko	2 467,0 ko	[liste des fichiers]