Balík: tiddit (3.6.1+dfsg-2 a iné)

[ Zdroj: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom tiddit

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Balík nie je dostupný

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, ppc64]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.11) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (<< 3.13) [ia64]

  dep: python3 (<< 3.14) [nie hppa, ia64, ppc64]

  dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.13~) [nie hppa, ia64, ppc64]

• dep: python3-joblib [nie hppa, ppc64]

  nástroje na nenáročnú tvorbu rúr v jazyku Python

• dep: python3-numpy [nie hppa, ppc64]

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-numpy2-abi0 [nie hppa, ia64, ppc64]

  virtuálny balík poskytovaný balíkom python3-numpy

  alebo python3-numpy-abi9

  virtuálny balík poskytovaný balíkom python3-numpy

• dep: python3-pysam [nie hppa, ppc64]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Stiahnuť tiddit

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	3.6.1+dfsg-2+b2	272.0 kB	1,557.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	3.6.1+dfsg-2+b1	322.3 kB	1,376.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	3.6.1+dfsg-2+b1	255.1 kB	1,292.0 kB	[zoznam súborov]
armel	3.6.1+dfsg-2+b1	267.6 kB	1,412.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	3.6.1+dfsg-2+b1	273.3 kB	1,156.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	2.12.2+dfsg-1+b1	228.8 kB	906.0 kB	[zoznam súborov]
i386	3.6.1+dfsg-2+b1	299.6 kB	1,368.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	3.6.1+dfsg-1+b1	478.9 kB	3,466.0 kB	[zoznam súborov]
loong64 (neoficiálny port)	3.6.1+dfsg-2+b2	275.6 kB	1,484.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	3.6.1+dfsg-2+b1	241.6 kB	1,130.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	3.6.1+dfsg-2+b1	236.9 kB	1,511.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	2.12.2+dfsg-1+b1	225.3 kB	1,232.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	3.6.1+dfsg-2+b1	277.3 kB	1,548.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	3.6.1+dfsg-2+b1	295.9 kB	964.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	3.6.1+dfsg-2+b1	389.4 kB	1,284.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	3.6.1+dfsg-2+b1	335.3 kB	1,316.0 kB	[zoznam súborov]