Пакунок: tiddit (3.6.1+dfsg-2 and others)

[ Source: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Інші пакунки пов'язані з tiddit

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Пакунок недоступний

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, ppc64]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.11) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (<< 3.13) [ia64, x32]

  dep: python3 (<< 3.14) [not hppa, ia64, ppc64, x32]

  dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.12~) [not hppa, ia64, ppc64]

• dep: python3-joblib [not hppa, ppc64]

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy [not alpha, hppa, ppc64]

  Python library for numerical computations (Python 3)

  dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0) [alpha]

• dep: python3-numpy-abi9 [alpha]

  virtual package provided by python3-numpy

• dep: python3-numpy2-abi0 [not alpha, hppa, ia64, ppc64, x32]

  virtual package provided by python3-numpy

  or python3-numpy-abi9

  virtual package provided by python3-numpy

• dep: python3-pysam [not hppa, ppc64]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Завантажити tiddit

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	3.6.1+dfsg-2	394.0 kB	2,809.0 kB	[список файлів]
amd64	3.6.1+dfsg-2	483.4 kB	2,559.0 kB	[список файлів]
arm64	3.6.1+dfsg-2	345.9 kB	2,407.0 kB	[список файлів]
armel	3.6.1+dfsg-2	375.0 kB	2,519.0 kB	[список файлів]
armhf	3.6.1+dfsg-2	392.1 kB	1,751.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	2.12.2+dfsg-1+b1	228.8 kB	906.0 kB	[список файлів]
i386	3.6.1+dfsg-2	417.1 kB	2,543.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	3.6.1+dfsg-1+b1	478.9 kB	3,466.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	3.6.1+dfsg-2	363.3 kB	2,099.0 kB	[список файлів]
mips64el	3.6.1+dfsg-2	326.5 kB	2,710.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	2.12.2+dfsg-1+b1	225.3 kB	1,232.0 kB	[список файлів]
ppc64el	3.6.1+dfsg-2	366.7 kB	2,983.0 kB	[список файлів]
riscv64	3.6.1+dfsg-2	403.9 kB	1,743.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	3.6.1+dfsg-2	568.8 kB	2,391.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	3.6.1+dfsg-1+b2	314.7 kB	1,256.0 kB	[список файлів]