Пакет: maq (0.7.1-9)

[ Источник: maq  ]

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

Maq (short for Mapping and Assembly with Quality) builds mapping assemblies from short reads generated by the next-generation sequencing machines. It was particularly designed for Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer, and has a preliminary functionality to handle ABI SOLiD data. Maq is previously known as mapass2.

Developmemt of Maq stopped in 2008. Its successors are BWA and SAMtools.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c++, implemented-in::perl, Пользовательский интерфейс: Командная строка, Роль: role::program, scope::utility, Цель: Требуется дополнительный тег, Анализ, use::comparing, use::searching, Поддерживаемые форматы: Требуется дополнительный тег, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Другие пакеты, относящиеся к maq

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [не amd64, armel, armhf, s390x]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  библиотека сжатия

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Загрузка maq

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	295,7 Кб	543,0 Кб	[список файлов]
arm64	286,7 Кб	519,0 Кб	[список файлов]
armel	285,5 Кб	530,0 Кб	[список файлов]
armhf	286,9 Кб	474,0 Кб	[список файлов]
i386	306,2 Кб	575,0 Кб	[список файлов]
mips64el	296,9 Кб	578,0 Кб	[список файлов]
mipsel	303,5 Кб	577,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	304,8 Кб	647,0 Кб	[список файлов]
s390x	288,4 Кб	547,0 Кб	[список файлов]