Пакет: centrifuge (1.0.4.2-1)

[ Источник: centrifuge  ]

rapid and memory-efficient system for classification of DNA sequences

Centrifuge is a very rapid and memory-efficient system for the classification of DNA sequences from microbial samples, with better sensitivity than and comparable accuracy to other leading systems. The system uses a novel indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transform (BWT) and the Ferragina-Manzini (FM) index, optimized specifically for the metagenomic classification problem. Centrifuge requires a relatively small index (e.g., 4.3 GB for ~4,100 bacterial genomes) yet provides very fast classification speed, allowing it to process a typical DNA sequencing run within an hour. Together these advances enable timely and accurate analysis of large metagenomics data sets on conventional desktop computers.

Другие пакеты, относящиеся к centrifuge

• dep: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• dep: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• dep: libc6 (>= 2.38)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не riscv64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

Загрузка centrifuge

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	568,7 Кб	1 781,0 Кб	[список файлов]
arm64	520,8 Кб	1 671,0 Кб	[список файлов]
mips64el	539,0 Кб	1 903,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	578,0 Кб	1 864,0 Кб	[список файлов]
riscv64	589,5 Кб	1 415,0 Кб	[список файлов]