Пакет: hisat2 (2.2.1-5 и другие)

[ Источник: hisat2  ]

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes (as well as against a single reference genome). Based on an extension of BWT for graphs a graph FM index (GFM) was designed and implementd. In addition to using one global GFM index that represents a population of human genomes, HISAT2 uses a large set of small GFM indexes that collectively cover the whole genome (each index representing a genomic region of 56 Kbp, with 55,000 indexes needed to cover the human population). These small indexes (called local indexes), combined with several alignment strategies, enable rapid and accurate alignment of sequencing reads. This new indexing scheme is called a Hierarchical Graph FM index (HGFM).

Другие пакеты, относящиеся к hisat2

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не x32]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• rec: bcftools

  genomic variant calling and manipulation of VCF/BCF files

• rec: python3-hisat2

  Python scripts accompanying hisat2

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Загрузка hisat2

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.2.1-5	3 723,9 Кб	14 324,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.2.1-5+b1	3 716,7 Кб	14 675,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.2.1-5+b2	3 493,3 Кб	13 419,0 Кб	[список файлов]
armel	2.2.1-5+b1	3 465,4 Кб	13 653,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.2.1-5+b1	3 412,6 Кб	12 055,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.2.1-5	3 910,1 Кб	14 542,0 Кб	[список файлов]
i386	2.2.1-5+b1	3 629,3 Кб	15 219,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.2.1-4+b3	4 617,6 Кб	20 576,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	2.2.1-5+b1	3 452,0 Кб	14 573,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.2.1-5+b1	3 543,7 Кб	14 549,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.2.1-5+b1	3 588,0 Кб	14 251,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.2.1-5+b1	3 652,9 Кб	14 187,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.2.1-5+b1	3 821,9 Кб	12 775,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.2.1-5+b1	3 246,2 Кб	13 693,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	2.2.1-5+b1	3 383,5 Кб	15 875,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.2.0-2	3 563,7 Кб	14 217,0 Кб	[список файлов]