Пакет: canu (2.2+dfsg-5 и другие)

[ Источник: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Другие пакеты, относящиеся к canu

• dep: gnuplot [alpha, m68k, sh4]

  утилита для построения графиков с интерфейсом командной строки
  также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: gnuplot-nox [не alpha, m68k, sh4]

  Command-line driven interactive plotting program. No-X package
  также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-qt, gnuplot-x11

  или gnuplot

  утилита для построения графиков с интерфейсом командной строки
  также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, arm64, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [не alpha, m68k, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10) [не alpha, arm64, m68k, sh4, sparc64]

  fast compression/decompression library

  dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.8) [sparc64]

  dep: libsnappy1v5 (>= 1.2.1) [arm64]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus [alpha, m68k, sh4]

  Пакет недоступен

Загрузка canu

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.0+dfsg-2	1 228,8 Кб	10 538,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.2+dfsg-5	1 379,8 Кб	13 027,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.2+dfsg-5+b1	1 293,4 Кб	13 910,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.2+dfsg-5	1 553,6 Кб	23 779,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	2.2+dfsg-5	1 762,5 Кб	18 271,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	2.0+dfsg-2	1 280,7 Кб	9 544,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.2+dfsg-5	1 566,0 Кб	17 652,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.2+dfsg-5	1 419,2 Кб	17 724,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.2+dfsg-5	1 410,8 Кб	16 873,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.2+dfsg-5+b1	1 862,0 Кб	15 534,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.2+dfsg-5	1 340,9 Кб	13 853,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	2.0+dfsg-2	1 230,0 Кб	8 637,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	2.2+dfsg-5	1 507,0 Кб	50 253,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.2+dfsg-5	1 386,5 Кб	12 548,0 Кб	[список файлов]