Package: canu (2.2+dfsg-5 and others)

[ Source: canu  ]

assemblatore di sequenze di molecole singole per genomi

Canu è un fork di Celera Assembler, progettato per sequenziamento con alto rumore di molecole singole (come PacBio RS II o Oxford Nanopore MinION).

Canu è una catena pipe di assemblaggio gerarchico che viene eseguita in quattro passi:

 * rilevamento di sovrapposizioni in sequenze con alto rumore usando MHAP;
 * generazione del consenso delle sequenze corrette;
 * taglio delle sequenze corrette;
 * assemblaggio delle sequenze corrette dopo il taglio.

Other Packages Related to canu

• dep: gnuplot [alpha, m68k, sh4]

  programma a riga di comando interattivo per tracciare grafici
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: gnuplot-nox [not alpha, m68k, sh4]

  programma a riga di comando interattivo per tracciare grafici - pacchetto senza X
  also a virtual package provided by gnuplot-qt, gnuplot-x11

  or gnuplot

  programma a riga di comando interattivo per tracciare grafici
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libfilesys-df-perl

  modulo per ottenere informazioni sullo spazio sul disco del file system

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [not alpha, m68k, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10) [not alpha, arm64, m68k, sh4, sparc64]

  veloce libreria di compressione/decompressione

  dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.8) [sparc64]

  dep: libsnappy1v5 (>= 1.2.1) [arm64]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: mhap

  hash con sensibilità locale per rilevare sovrapposizioni di letture lunghe

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• sug: nanopolish

  identificatore di sequenze di consenso per dati di sequenziamento a nanopori

• sug: pbgenomicconsensus [alpha, m68k, sh4]

  Package not available

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Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.0+dfsg-2	1,228.8 kB	10,538.0 kB	[list of files]
amd64	2.2+dfsg-5	1,379.8 kB	13,027.0 kB	[list of files]
arm64	2.2+dfsg-5+b1	1,293.4 kB	13,910.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.2+dfsg-5	1,553.6 kB	23,779.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	2.2+dfsg-5	1,762.5 kB	18,271.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.0+dfsg-2	1,280.7 kB	9,544.0 kB	[list of files]
mips64el	2.2+dfsg-5	1,566.0 kB	17,652.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.2+dfsg-5	1,419.2 kB	17,724.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.2+dfsg-5	1,410.8 kB	16,873.0 kB	[list of files]
riscv64	2.2+dfsg-5+b1	1,862.0 kB	15,534.0 kB	[list of files]
s390x	2.2+dfsg-5	1,340.9 kB	13,853.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	2.0+dfsg-2	1,230.0 kB	8,637.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.2+dfsg-5	1,507.0 kB	50,253.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.2+dfsg-5	1,386.5 kB	12,548.0 kB	[list of files]