Pacote: canu (2.2+dfsg-5 e outros)

[ Fonte: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Outros pacotes relacionados a canu

• dep: gnuplot [alpha, m68k, sh4]

  programa de plotagem interativo e de linha de comando
  também um pacote virtual fornecido por gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: gnuplot-nox [não alpha, m68k, sh4]

  programa de traçado interativo de linha de comando. Sem o pacote do X
  também um pacote virtual fornecido por gnuplot-qt, gnuplot-x11

  ou gnuplot

  programa de plotagem interativo e de linha de comando
  também um pacote virtual fornecido por gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, arm64, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [não alpha, m68k, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10) [não alpha, arm64, m68k, sh4, sparc64]

  biblioteca de compressão/descompressão rápida

  dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.8) [sparc64]

  dep: libsnappy1v5 (>= 1.2.1) [arm64]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus [alpha, m68k, sh4]

  Pacote não disponível

Download de canu

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	2.0+dfsg-2	1,228.8 kB	10,538.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	2.2+dfsg-5	1,379.8 kB	13,027.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.2+dfsg-5+b1	1,293.4 kB	13,910.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	2.2+dfsg-5	1,553.6 kB	23,779.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	2.2+dfsg-5	1,762.5 kB	18,271.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	2.0+dfsg-2	1,280.7 kB	9,544.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	2.2+dfsg-5	1,566.0 kB	17,652.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	2.2+dfsg-5	1,419.2 kB	17,724.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	2.2+dfsg-5	1,410.8 kB	16,873.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	2.2+dfsg-5+b1	1,862.0 kB	15,534.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	2.2+dfsg-5	1,340.9 kB	13,853.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	2.0+dfsg-2	1,230.0 kB	8,637.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	2.2+dfsg-5	1,507.0 kB	50,253.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	2.2+dfsg-5	1,386.5 kB	12,548.0 kB	[lista de arquivos]