软件包：canu（2.2+dfsg-5 以及其他的）

[ 源代码： canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

其他与 canu 有关的软件包

• dep: gnuplot [alpha, m68k, sh4]

  Command-line driven interactive plotting program.
  同时作为一个虚包由这些包填实： gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: gnuplot-nox [除 alpha, m68k, sh4]

  Command-line driven interactive plotting program. No-X package
  同时作为一个虚包由这些包填实： gnuplot-qt, gnuplot-x11

  或者 gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  同时作为一个虚包由这些包填实： gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

  GNU C 语言运行库：共享库
  同时作为一个虚包由这些包填实： libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, arm64, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C 语言运行库：共享库
  同时作为一个虚包由这些包填实： libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  GCC 支持库

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [除 alpha, m68k, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 支持库

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP（GOMP）支持库

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10) [除 alpha, arm64, m68k, sh4, sparc64]

  fast compression/decompression library

  dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.8) [sparc64]

  dep: libsnappy1v5 (>= 1.2.1) [arm64]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU 标准 C++ 库，第3版

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  拉里 沃尔的实用报表提取语言(Perl)

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus [alpha, m68k, sh4]

  软件包暂时不可用

下载 canu

下载可用于所有硬件架构的

硬件架构	版本	软件包大小	安装后大小	文件
alpha （非官方移植版）	2.0+dfsg-2	1,228.8 kB	10,538.0 kB	[文件列表]
amd64	2.2+dfsg-5	1,379.8 kB	13,027.0 kB	[文件列表]
arm64	2.2+dfsg-5+b1	1,293.4 kB	13,910.0 kB	[文件列表]
ia64 （非官方移植版）	2.2+dfsg-5	1,553.6 kB	23,779.0 kB	[文件列表]
loong64 （非官方移植版）	2.2+dfsg-5	1,762.5 kB	18,271.0 kB	[文件列表]
m68k （非官方移植版）	2.0+dfsg-2	1,280.7 kB	9,544.0 kB	[文件列表]
mips64el	2.2+dfsg-5	1,566.0 kB	17,652.0 kB	[文件列表]
ppc64 （非官方移植版）	2.2+dfsg-5	1,419.2 kB	17,724.0 kB	[文件列表]
ppc64el	2.2+dfsg-5	1,410.8 kB	16,873.0 kB	[文件列表]
riscv64	2.2+dfsg-5+b1	1,862.0 kB	15,534.0 kB	[文件列表]
s390x	2.2+dfsg-5	1,340.9 kB	13,853.0 kB	[文件列表]
sh4 （非官方移植版）	2.0+dfsg-2	1,230.0 kB	8,637.0 kB	[文件列表]
sparc64 （非官方移植版）	2.2+dfsg-5	1,507.0 kB	50,253.0 kB	[文件列表]
x32 （非官方移植版）	2.2+dfsg-5	1,386.5 kB	12,548.0 kB	[文件列表]