Pakiet: canu (2.2+dfsg-5 i inne)

[ Pakiet źródłowy: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Inne pakiety związane z canu

• dep: gnuplot [alpha, m68k, sh4]

  Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: gnuplot-nox [nie alpha, m68k, sh4]

  Interaktywny program wiersza poleceń do tworzenia wykresów. Nie wymaga serwera X
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-qt, gnuplot-x11

  lub gnuplot

  Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, arm64, ia64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [nie alpha, m68k, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10) [nie alpha, arm64, m68k, sh4, sparc64]

  Biblioteka do szybkiej kompresji i dekompresji

  dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.8) [sparc64]

  dep: libsnappy1v5 (>= 1.2.1) [arm64]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus [alpha, m68k, sh4]

  Pakiet niedostępny

Pobieranie canu

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.0+dfsg-2	1 228,8 KiB	10 538,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.2+dfsg-5	1 379,8 KiB	13 027,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.2+dfsg-5+b1	1 293,4 KiB	13 910,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.2+dfsg-5	1 553,6 KiB	23 779,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.0+dfsg-2	1 280,7 KiB	9 544,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.2+dfsg-5	1 566,0 KiB	17 652,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.2+dfsg-5	1 419,2 KiB	17 724,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.2+dfsg-5	1 410,8 KiB	16 873,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.2+dfsg-5+b1	1 862,0 KiB	15 534,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.2+dfsg-5	1 340,9 KiB	13 853,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2.0+dfsg-2	1 230,0 KiB	8 637,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	2.2+dfsg-5	1 507,0 KiB	50 253,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.2+dfsg-5	1 386,5 KiB	12 548,0 KiB	[lista plików]