Пакет: canu (2.0+dfsg-2 и другие)

[ Источник: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Другие пакеты, относящиеся к canu

• dep: gnuplot

  утилита для построения графиков с интерфейсом командной строки
  также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386, mipsel]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus

  Пакет недоступен

Загрузка canu

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.0+dfsg-2+b1	1 182,4 Кб	8 799,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.0+dfsg-2+b1	1 077,8 Кб	9 886,0 Кб	[список файлов]
armel	2.0+dfsg-2+b1	1 027,4 Кб	9 663,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.0+dfsg-2+b1	1 041,9 Кб	7 955,0 Кб	[список файлов]
i386	2.0+dfsg-2+b1	1 317,8 Кб	10 030,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.0+dfsg-2+b1	1 297,2 Кб	12 589,0 Кб	[список файлов]
mipsel	2.0+dfsg-2+b1	1 351,8 Кб	12 568,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.0+dfsg-2+b1	1 204,7 Кб	12 855,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.0+dfsg-2+b1	1 073,5 Кб	8 954,0 Кб	[список файлов]