Пакет: canu (2.0+dfsg-1)

[ Источник: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Другие пакеты, относящиеся к canu

• dep: gnuplot

  утилита для построения графиков с интерфейсом командной строки
  также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386, mipsel]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: mhap (>= 2.1.3)

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus

  Пакет недоступен

Загрузка canu

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	1 226,6 Кб	9 210,0 Кб	[список файлов]
arm64	1 100,2 Кб	8 667,0 Кб	[список файлов]
armel	1 075,7 Кб	8 521,0 Кб	[список файлов]
armhf	1 101,1 Кб	6 673,0 Кб	[список файлов]
i386	1 352,2 Кб	10 418,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1 342,8 Кб	12 314,0 Кб	[список файлов]
mipsel	1 386,0 Кб	11 249,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1 218,4 Кб	12 366,0 Кб	[список файлов]
s390x	1 072,7 Кб	9 029,0 Кб	[список файлов]