套件：stacks（2.68+dfsg-2 以及其他的）

[ 原始碼： stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

其他與 stacks 有關的套件

• dep: bsdextrautils

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38) [除 alpha, ia64, sh4]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, s390x, x32]

  GCC 支援函式庫

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 支援函式庫

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 支援函式庫

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [除 ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  壓縮函式庫 - 跑程式時用(runtime)

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： r-cran-littler

• sug: gdb

  GNU Debugger
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： gdb-minimal

下載 stacks

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	2.68+dfsg-2	1，112。6 kB	6，814。0 kB	[檔案列表]
amd64	2.68+dfsg-2	1，231。5 kB	6，161。0 kB	[檔案列表]
arm64	2.68+dfsg-2	1，057。3 kB	5，829。0 kB	[檔案列表]
armel	2.68+dfsg-2	1，024。3 kB	5，681。0 kB	[檔案列表]
armhf	2.68+dfsg-2	1，046。8 kB	4，081。0 kB	[檔案列表]
hppa （非官方移植版）	2.68+dfsg-2	1，082。4 kB	5，478。0 kB	[檔案列表]
i386	2.68+dfsg-2	1，301。0 kB	6，437。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	2.66+dfsg-1+b1	1，286。9 kB	11，193。0 kB	[檔案列表]
m68k （非官方移植版）	2.68+dfsg-2	1，104。3 kB	5，753。0 kB	[檔案列表]
mips64el	2.68+dfsg-2	1，123。1 kB	7，726。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	2.68+dfsg-2	1，151。5 kB	7，749。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	2.68+dfsg-2	1，170。8 kB	7，109。0 kB	[檔案列表]
riscv64	2.68+dfsg-2	1，148。9 kB	4，409。0 kB	[檔案列表]
s390x	2.68+dfsg-2	1，157。7 kB	6，289。0 kB	[檔案列表]
sh4 （非官方移植版）	2.68+dfsg-2	1，348。7 kB	5，689。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	2.68+dfsg-2	984。4 kB	12，602。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	2.68+dfsg-2	1，236。8 kB	5，813。0 kB	[檔案列表]