Paket: stacks (2.68+dfsg-2 und andere)

[ Quellcode: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Andere Pakete mit Bezug zu stacks

• dep: bsdextrautils

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38) [nicht alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, s390x, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nicht ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  Modul für die Erzeugung von Excel-Tabellen

• rec: littler

  Kommandozeilen- und Skripting-Frontend für GNU R -- Übergangspaket
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-cran-littler

• sug: gdb

  GNU-Debugger
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch gdb-minimal

stacks herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	2.68+dfsg-2	1.112,6 kB	6.814,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	2.68+dfsg-2	1.231,5 kB	6.161,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.68+dfsg-2	1.057,3 kB	5.829,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	2.68+dfsg-2	1.024,3 kB	5.681,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	2.68+dfsg-2	1.046,8 kB	4.081,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	2.68+dfsg-2	1.082,4 kB	5.478,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	2.68+dfsg-2	1.301,0 kB	6.437,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.66+dfsg-1+b1	1.286,9 kB	11.193,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	2.68+dfsg-2	1.104,3 kB	5.753,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.68+dfsg-2	1.123,1 kB	7.726,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	2.68+dfsg-2	1.151,5 kB	7.749,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.68+dfsg-2	1.170,8 kB	7.109,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.68+dfsg-2	1.148,9 kB	4.409,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	2.68+dfsg-2	1.157,7 kB	6.289,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	2.68+dfsg-2	1.348,7 kB	5.689,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	2.68+dfsg-2	984,4 kB	12.602,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	2.68+dfsg-2	1.236,8 kB	5.813,0 kB	[Liste der Dateien]