Пакет: stacks (2.68+dfsg-1 и други)

[ Източник: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Други пакети, свързани с stacks

• dep: bsdextrautils

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, sh4]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, s390x, x32]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [не ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  compression library - runtime

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  също и виртуален пакет, предлаган от r-cran-littler

• sug: gdb

  GNU Debugger
  също и виртуален пакет, предлаган от gdb-minimal

Изтегляне на stacks

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	2.68+dfsg-1	1 111,6 кБ	6 814,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	2.68+dfsg-1	1 229,7 кБ	6 153,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2.68+dfsg-1	1 053,9 кБ	5 829,0 кБ	[списък на файловете]
armel	2.68+dfsg-1	1 021,0 кБ	5 341,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	2.68+dfsg-1	1 044,3 кБ	3 781,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	2.68+dfsg-1	1 082,3 кБ	5 474,0 кБ	[списък на файловете]
i386	2.68+dfsg-1	1 299,2 кБ	6 437,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	2.66+dfsg-1+b1	1 286,9 кБ	11 193,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	2.68+dfsg-1	1 101,0 кБ	5 753,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2.68+dfsg-1	1 102,8 кБ	7 664,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	2.68+dfsg-1	1 151,8 кБ	7 749,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2.68+dfsg-1	1 168,3 кБ	7 109,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	2.68+dfsg-1	1 145,9 кБ	4 405,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2.68+dfsg-1	1 156,0 кБ	6 289,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	2.68+dfsg-1	1 347,3 кБ	5 689,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	2.68+dfsg-1	983,6 кБ	12 602,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	2.68+dfsg-1	1 235,1 кБ	5 813,0 кБ	[списък на файловете]