Pakiet: vcfanno (0.3.5+ds-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: vcfanno  ]

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.

  * For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special
    cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns.
  * For BED, values are pulled from (1-based) column number.
  * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.

Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.

Inne pakiety związane z vcfanno

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

• dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]

  Runtime library for GNU Go applications

Pobieranie vcfanno

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0.3.5+ds-2	625,6 KiB	3 140,0 KiB	[lista plików]
amd64	0.3.5+ds-2+b4	2 531,3 KiB	7 622,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.3.5+ds-2+b4	2 168,1 KiB	7 282,0 KiB	[lista plików]
armel	0.3.5+ds-2+b4	2 153,6 KiB	7 421,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.3.5+ds-2+b4	2 143,5 KiB	7 357,0 KiB	[lista plików]
i386	0.3.5+ds-2+b4	2 328,2 KiB	7 342,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.3.5+ds-2+b4	1 944,6 KiB	8 325,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0.3.5+ds-2	727,7 KiB	4 594,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.3.5+ds-2+b4	2 154,3 KiB	7 537,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.3.5+ds-2+b4	2 153,3 KiB	7 217,0 KiB	[lista plików]
s390x	0.3.5+ds-2+b4	2 305,3 KiB	8 114,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0.3.5+ds-2	606,9 KiB	4 930,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0.3.5+ds-2	647,4 KiB	2 660,0 KiB	[lista plików]