套件：vcfanno（0.3.5+ds-2 以及其他的）

[ 原始碼： vcfanno  ]

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.

  * For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special
    cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns.
  * For BED, values are pulled from (1-based) column number.
  * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.

Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.

其他與 vcfanno 有關的套件

• dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]

  GCC 支援函式庫

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

• dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]

  Runtime library for GNU Go applications

下載 vcfanno

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	0.3.5+ds-2	625。6 kB	3，140。0 kB	[檔案列表]
amd64	0.3.5+ds-2+b4	2，531。3 kB	7，622。0 kB	[檔案列表]
arm64	0.3.5+ds-2+b4	2，168。1 kB	7，282。0 kB	[檔案列表]
armel	0.3.5+ds-2+b4	2，153。6 kB	7，421。0 kB	[檔案列表]
armhf	0.3.5+ds-2+b4	2，143。5 kB	7，357。0 kB	[檔案列表]
i386	0.3.5+ds-2+b4	2，328。2 kB	7，342。0 kB	[檔案列表]
mips64el	0.3.5+ds-2+b4	1，944。6 kB	8，325。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	0.3.5+ds-2	727。7 kB	4，594。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	0.3.5+ds-2+b4	2，154。3 kB	7，537。0 kB	[檔案列表]
riscv64	0.3.5+ds-2+b4	2，153。3 kB	7，217。0 kB	[檔案列表]
s390x	0.3.5+ds-2+b4	2，305。3 kB	8，114。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	0.3.5+ds-2	606。9 kB	4，930。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	0.3.5+ds-2	647。4 kB	2，660。0 kB	[檔案列表]