Paketti: vcfanno (0.3.5+ds-2 ja muut)

[ Source: vcfanno  ]

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.

  * For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special
    cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns.
  * For BED, values are pulled from (1-based) column number.
  * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.

Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.

Muut pakettiin vcfanno liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

• dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]

  Runtime library for GNU Go applications

Imuroi vcfanno

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	0.3.5+ds-2	625.6 kt	3,140.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	0.3.5+ds-2+b3	2,528.3 kt	7,618.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	0.3.5+ds-2+b3	2,167.3 kt	7,282.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	0.3.5+ds-2+b3	2,150.3 kt	7,421.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	0.3.5+ds-2+b3	2,142.7 kt	7,357.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	0.3.5+ds-2+b3	2,325.6 kt	7,334.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	0.3.5+ds-2+b3	1,943.9 kt	8,325.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	0.3.5+ds-2	727.7 kt	4,594.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	0.3.5+ds-2+b3	2,155.0 kt	7,537.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	0.3.5+ds-2+b3	2,154.8 kt	7,217.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	0.3.5+ds-2+b3	2,304.8 kt	8,114.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	0.3.5+ds-2	606.9 kt	4,930.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	0.3.5+ds-2	647.4 kt	2,660.0 kt	[tiedostoluettelo]