Paket: vcfanno (0.3.5+ds-2 och andra)

[ Källkod: vcfanno  ]

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.

  * For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special
    cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns.
  * For BED, values are pulled from (1-based) column number.
  * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.

Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.

Andra paket besläktade med vcfanno

• dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

• dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]

  Runtime library for GNU Go applications

Hämta vcfanno

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	0.3.5+ds-2	625,6 kbyte	3.140,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	0.3.5+ds-2+b6	2.621,0 kbyte	8.036,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	0.3.5+ds-2+b6	2.234,4 kbyte	7.560,0 kbyte	[filförteckning]
armel	0.3.5+ds-2+b6	2.315,1 kbyte	7.827,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	0.3.5+ds-2+b6	2.306,9 kbyte	7.827,0 kbyte	[filförteckning]
i386	0.3.5+ds-2+b6	2.495,9 kbyte	7.775,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	0.3.5+ds-2+b6	2.095,0 kbyte	8.859,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	0.3.5+ds-2	727,7 kbyte	4.594,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	0.3.5+ds-2+b6	2.227,2 kbyte	7.880,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	0.3.5+ds-2+b6	2.322,3 kbyte	7.624,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	0.3.5+ds-2+b6	2.383,6 kbyte	8.520,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	0.3.5+ds-2	606,9 kbyte	4.930,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	0.3.5+ds-2	647,4 kbyte	2.660,0 kbyte	[filförteckning]