Pakiet: vcfanno (0.3.5+ds-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: vcfanno  ]

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.

  * For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special
    cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns.
  * For BED, values are pulled from (1-based) column number.
  * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.

Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.

Inne pakiety związane z vcfanno

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

Pobieranie vcfanno

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	0.3.5+ds-1+b3	2 195,4 KiB	6 551,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.3.5+ds-1+b3	1 875,2 KiB	6 239,0 KiB	[lista plików]
armel	0.3.5+ds-1+b3	1 879,8 KiB	6 297,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.3.5+ds-1+b3	1 870,9 KiB	6 257,0 KiB	[lista plików]
i386	0.3.5+ds-1+b3	2 046,4 KiB	6 327,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.3.5+ds-1+b3	1 695,5 KiB	7 154,0 KiB	[lista plików]
mipsel	0.3.5+ds-1+b3	1 730,1 KiB	7 041,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.3.5+ds-1+b3	1 834,2 KiB	6 238,0 KiB	[lista plików]
s390x	0.3.5+ds-1+b3	2 007,4 KiB	6 819,0 KiB	[lista plików]