Пакет: vcfanno (0.3.5+ds-2 и други)

Връзки за vcfanno

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник vcfanno.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [github.com]

Подобни пакети:

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.

  * For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special
    cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns.
  * For BED, values are pulled from (1-based) column number.
  * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.

Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.

Други пакети, свързани с vcfanno

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]

GCC support library

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]
dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]

Runtime library for GNU Go applications

Изтегляне на vcfanno

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	0.3.5+ds-2	625,6 кБ	3 140,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	0.3.5+ds-2+b3	2 528,3 кБ	7 618,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	0.3.5+ds-2+b3	2 167,3 кБ	7 282,0 кБ	[списък на файловете]
armel	0.3.5+ds-2+b3	2 150,3 кБ	7 421,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	0.3.5+ds-2+b3	2 142,7 кБ	7 357,0 кБ	[списък на файловете]
i386	0.3.5+ds-2+b3	2 325,6 кБ	7 334,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	0.3.5+ds-2+b3	1 943,9 кБ	8 325,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	0.3.5+ds-2	727,7 кБ	4 594,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	0.3.5+ds-2+b3	2 155,0 кБ	7 537,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	0.3.5+ds-2+b3	2 154,8 кБ	7 217,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	0.3.5+ds-2+b3	2 304,8 кБ	8 114,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	0.3.5+ds-2	606,9 кБ	4 930,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	0.3.5+ds-2	647,4 кБ	2 660,0 кБ	[списък на файловете]