Pacote: vcfanno (0.3.5+ds-2 e outros)

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Recursos de Debian:

Baixe o pacote-fonte vcfanno:

Mantenedores(as):

Fontes externas:

Pagina principal [github.com]

Pacotes similares:

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.

  * For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special
    cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns.
  * For BED, values are pulled from (1-based) column number.
  * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.

Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.

Outros pacotes relacionados a vcfanno

depende

recomenda

sugere

melhora

dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, loong64]

GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]

Biblioteca de suporte GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]
dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]

Runtime library for GNU Go applications

Download de vcfanno

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis
Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	0.3.5+ds-2	625.6 kB	3,140.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	0.3.5+ds-2+b7	0.0 kB	0.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	0.3.5+ds-2+b7	2,232.9 kB	7,560.0 kB	[lista de arquivos]
armel	0.3.5+ds-2+b7	2,314.3 kB	7,827.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	0.3.5+ds-2+b7	2,305.5 kB	7,827.0 kB	[lista de arquivos]
i386	0.3.5+ds-2+b7	0.0 kB	0.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	0.3.5+ds-2+b4	2,142.1 kB	7,410.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	0.3.5+ds-2+b7	2,096.1 kB	8,859.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	0.3.5+ds-2	727.7 kB	4,594.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	0.3.5+ds-2+b7	0.0 kB	0.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	0.3.5+ds-2+b7	2,323.4 kB	7,624.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	0.3.5+ds-2+b7	2,384.6 kB	8,520.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	0.3.5+ds-2	606.9 kB	4,930.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	0.3.5+ds-2	647.4 kB	2,660.0 kB	[lista de arquivos]