Paket: vcfanno (0.3.5+ds-2 ve diğerleri)

[ Kaynak: vcfanno  ]

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.

  * For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special
    cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns.
  * For BED, values are pulled from (1-based) column number.
  * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.

Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.

vcfanno ile İlgili Diğer Paketler

• dep: libc6 (>= 2.34) [alpha değil]

  GNU C Library: Shared libraries
  ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

• dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]

  Runtime library for GNU Go applications

vcfanno indir

Tüm mevcut mimariler için indir

Mimari	Sürüm	Paket Boyutu	Kurulu Boyut	Dosyalar
alpha (resmi olmayan port)	0.3.5+ds-2	625,6 kB	3.140,0 kB	[dosya listesi]
amd64	0.3.5+ds-2+b4	2.531,3 kB	7.622,0 kB	[dosya listesi]
arm64	0.3.5+ds-2+b4	2.168,1 kB	7.282,0 kB	[dosya listesi]
armel	0.3.5+ds-2+b4	2.153,6 kB	7.421,0 kB	[dosya listesi]
armhf	0.3.5+ds-2+b4	2.143,5 kB	7.357,0 kB	[dosya listesi]
i386	0.3.5+ds-2+b4	2.328,2 kB	7.342,0 kB	[dosya listesi]
mips64el	0.3.5+ds-2+b4	1.944,6 kB	8.325,0 kB	[dosya listesi]
ppc64 (resmi olmayan port)	0.3.5+ds-2	727,7 kB	4.594,0 kB	[dosya listesi]
ppc64el	0.3.5+ds-2+b4	2.154,3 kB	7.537,0 kB	[dosya listesi]
riscv64	0.3.5+ds-2+b4	2.153,3 kB	7.217,0 kB	[dosya listesi]
s390x	0.3.5+ds-2+b4	2.305,3 kB	8.114,0 kB	[dosya listesi]
sparc64 (resmi olmayan port)	0.3.5+ds-2	606,9 kB	4.930,0 kB	[dosya listesi]
x32 (resmi olmayan port)	0.3.5+ds-2	647,4 kB	2.660,0 kB	[dosya listesi]