Pakiet: vcfanno (0.3.5+ds-2)

[ Pakiet źródłowy: vcfanno  ]

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.

  * For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special
    cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns.
  * For BED, values are pulled from (1-based) column number.
  * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.

Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.

Inne pakiety związane z vcfanno

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

Pobieranie vcfanno

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	2 249,3 KiB	6 683,0 KiB	[lista plików]
arm64	1 926,1 KiB	6 367,0 KiB	[lista plików]
armel	1 923,4 KiB	6 531,0 KiB	[lista plików]
armhf	1 915,6 KiB	6 491,0 KiB	[lista plików]
i386	2 071,5 KiB	6 520,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1 736,8 KiB	7 410,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1 915,0 KiB	6 558,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1 945,1 KiB	6 439,0 KiB	[lista plików]
s390x	2 058,2 KiB	7 111,0 KiB	[lista plików]