Package: vcfanno (0.3.5+ds-2 and others)

[ Source: vcfanno  ]

Kommenter en VCF med andre VCF'er/BED'er/tabixed-filer

Vcfanno gør, at du hurtigt kan kommentere din VCF med ethvert antal INFO-felter fra ethvert antal VCF'er eller BED-filer. Bruger en simpel konfigurationsfil, så brugeren kan angive kildekommenteringsfiler og felter og hvordan de vil blive tilføjet til infoen for forespørgelses-VCF'en.

 * For VCF hentes værdier efter navn fra INFO-feltet med specielle
   tilfælde for ID og FILTER til at hente fra disse VCF-kolonner
 * For BED hentes værdier fra (1-basede) kolonnenummer
 * For BAM, dybde (antal) er »mapq« og »seq« i øjeblikket understøttet

Vcfanno er skrevet i Go og det understøtter tilpassede brugerskripter skrevet i Lua. Programmet kan kommentere mere end 8.000 varianter per sekund med 34 kommenteringer fra 9 filer på en anstændig bærbar og over 30 tusinde varianter per sekund via 12 processer på en server.

Other Packages Related to vcfanno

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

• dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]

  Kørselstidsbibliotek for GNU Go-programmer

Download vcfanno

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.3.5+ds-2	625.6 kB	3,140.0 kB	[list of files]
amd64	0.3.5+ds-2+b6	2,621.0 kB	8,036.0 kB	[list of files]
arm64	0.3.5+ds-2+b6	2,234.4 kB	7,560.0 kB	[list of files]
armel	0.3.5+ds-2+b6	2,315.1 kB	7,827.0 kB	[list of files]
armhf	0.3.5+ds-2+b6	2,306.9 kB	7,827.0 kB	[list of files]
i386	0.3.5+ds-2+b6	2,495.9 kB	7,775.0 kB	[list of files]
mips64el	0.3.5+ds-2+b6	2,095.0 kB	8,859.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.3.5+ds-2	727.7 kB	4,594.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.3.5+ds-2+b6	2,227.2 kB	7,880.0 kB	[list of files]
riscv64	0.3.5+ds-2+b6	2,322.3 kB	7,624.0 kB	[list of files]
s390x	0.3.5+ds-2+b6	2,383.6 kB	8,520.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.3.5+ds-2	606.9 kB	4,930.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.3.5+ds-2	647.4 kB	2,660.0 kB	[list of files]