Pakiet: ampliconnoise (1.29-9)

[ Pakiet źródłowy: ampliconnoise  ]

Usuwanie szumu z 454 zsekwencjonowanych amplikonów PCR

AmpliconNoise to pakiet programów do czyszczenia danych sekwencyjnych o wysokiej przepustowości. Składa się z trzech głównych części:

Pyronoise - wykonuje klastrowanie oparte na flowgramie w celu wykrycia

            błędnych odczytów.

SeqNoise - usuwa mutacje punktowe PCR. Perseus - usuwa chimery PCR bez konieczności stosowania zestawu

            sekwencji referencyjnych.

Wcześniej istniał niezależny "Pyronoise", napisany przez tych samych autorów, a ten pakiet zawiera zaktualizowaną wersję. W Qiime występuje również "Denoiser", który jest z nim powiązany, ale odrębny.

Znaczniki: Rola: Program

Inne pakiety związane z ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgsl25 (>= 2.6)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libopenmpi3 (>= 4.0.4)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• rec: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

Pobieranie ampliconnoise

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1 080,6 KiB	2 036,0 KiB	[lista plików]
arm64	1 073,3 KiB	1 960,0 KiB	[lista plików]
armel	1 065,4 KiB	1 955,0 KiB	[lista plików]
armhf	1 061,2 KiB	1 819,0 KiB	[lista plików]
i386	1 078,5 KiB	2 011,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1 073,7 KiB	2 022,0 KiB	[lista plików]
mipsel	1 070,4 KiB	1 973,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1 093,8 KiB	2 592,0 KiB	[lista plików]
s390x	1 073,6 KiB	2 012,0 KiB	[lista plików]