Package: tabix (1.20+ds-2)

[ Source: htslib  ]

indicizzatore generico per file di posizioni del genoma delimitate da TAB

Tabix indicizza i file in cui alcune colonne indicano coordinate di sequenze: nome (solitamente un cromosoma), inizio e fine. Il file di dati di input deve essere ordinato in base alla posizione e compresso con bgzip (fornito in questo pacchetto), che ha un'interfaccia simile a gzip. Dopo l'indicizzazione, tabix è in grado di recuperare velocemente righe di dati in base alle coordinate cromosomiche. Il veloce recupero dei dati funziona anche via rete se viene fornito un URI come nome di file.

Questo pacchetto è compilato dai sorgenti di HTSlib e fornisce gli strumenti bgzip, htsfile e tabix.

Tags: Implemented in: C, Role: Program, Science: science::calculation, use::calculating, Supports Format: HTML, Hypertext Markup Language, Works with: Text

Other Packages Related to tabix

• dep: libbz2-1.0

  libreria compressione file a ordinamento blocchi di alta qualità - runtime

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libdeflate0 (>= 1.0)

  compressione e decompressione veloci di buffer interi basate su DEFLATE

• dep: libhtscodecs2 (>= 1.3.0)

  Custom compression for CRAM and others

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  libreria per compressione in formato XZ

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

Download tabix

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	474.4 kB	2,293.0 kB	[list of files]
arm64	444.0 kB	2,249.0 kB	[list of files]
armel	405.0 kB	2,058.0 kB	[list of files]
armhf	408.2 kB	1,498.0 kB	[list of files]
i386	523.2 kB	2,610.0 kB	[list of files]
mips64el	434.1 kB	2,617.0 kB	[list of files]
ppc64el	511.2 kB	3,017.0 kB	[list of files]
riscv64	491.8 kB	1,901.0 kB	[list of files]
s390x	467.1 kB	2,477.0 kB	[list of files]