Package: sga (0.10.15-7 and others)

[ Source: sga  ]

assemblatore de novo di genoma che usa grafi di stringhe

L'obiettivo principale di SGA è di essere molto efficiente in termini di memoria, il che è raggiunto usando una rappresentazione compressa delle letture di sequenze di DNA.

SGA è un assemblatore de novo per letture di sequenze di DNA. È basato sulla formulazione di assemblaggio di grafi di stringhe di Gene Myers e usa l'FM-index/trasformata di Burrows-Wheeler per trovare in maniera efficiente le sovrapposizioni tra letture di sequenze.

Other Packages Related to sga

• dep: libbamtools2.4.0 [hppa, ppc64, sparc64]

  Package not available

• dep: libbamtools2.5.1 [sh4]

  Package not available

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [not hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  libreria dinamica per manipolare file BAM (allineamento di genoma)

• dep: libc6 (>= 2.23) [hppa, ppc64, sparc64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

  Package not available

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sh4, sparc64]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Package not available

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [not hppa, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 11) [not alpha, hppa, ppc64, riscv64, sh4, sparc64]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: perl [not hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: python [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Package not available

• dep: python-pysam [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Package not available

• dep: python-ruffus [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Package not available

• dep: python3 [not hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-pysam [not hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• dep: python3-ruffus [not hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  libreria per pipeline elaborativa di Python 3 ampiamente usata in bioinformatica

• dep: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

• rec: abyss [not sh4]

  assemblatore di sequenze, parallelo, de novo per letture corte

  rec: abyss (>= 2.0.2-1) [sh4]

• sug: abyss (>= 1.5.2-2)

  assemblatore di sequenze, parallelo, de novo per letture corte

Download sga

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.10.15-7	755.4 kB	2,753.0 kB	[list of files]
amd64	0.10.15-7+b1	812.5 kB	2,432.0 kB	[list of files]
arm64	0.10.15-7+b1	580.5 kB	1,792.0 kB	[list of files]
armel	0.10.15-7+b1	564.3 kB	1,727.0 kB	[list of files]
armhf	0.10.15-7+b1	582.9 kB	1,279.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0.10.14-2	977.9 kB	2,993.0 kB	[list of files]
i386	0.10.15-7+b1	876.3 kB	2,607.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0.10.15-7+b1	1,025.2 kB	4,829.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.10.15-7+b1	775.3 kB	2,407.0 kB	[list of files]
mips64el	0.10.15-7+b1	745.3 kB	3,062.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.10.14-2	735.4 kB	2,620.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.10.15-7+b1	692.6 kB	2,304.0 kB	[list of files]
riscv64	0.10.15-7+b1	663.5 kB	1,496.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.10.15-4	1,052.2 kB	2,782.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.10.14-2	770.0 kB	2,627.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.10.15-7+b1	817.2 kB	2,291.0 kB	[list of files]