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Package: sga (0.10.15-7 and others)

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assemblatore de novo di genoma che usa grafi di stringhe

L'obiettivo principale di SGA è di essere molto efficiente in termini di memoria, il che è raggiunto usando una rappresentazione compressa delle letture di sequenze di DNA.

SGA è un assemblatore de novo per letture di sequenze di DNA. È basato sulla formulazione di assemblaggio di grafi di stringhe di Gene Myers e usa l'FM-index/trasformata di Burrows-Wheeler per trovare in maniera efficiente le sovrapposizioni tra letture di sequenze.

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Architecture Version Package Size Installed Size Files
alpha (unofficial port) 0.10.15-7 755.4 kB2,753.0 kB [list of files]
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armel 0.10.15-7+b1 564.3 kB1,727.0 kB [list of files]
armhf 0.10.15-7+b1 582.9 kB1,279.0 kB [list of files]
hppa (unofficial port) 0.10.14-2 977.9 kB2,993.0 kB [list of files]
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ia64 (unofficial port) 0.10.15-7+b1 1,025.2 kB4,829.0 kB [list of files]
m68k (unofficial port) 0.10.15-7+b1 775.3 kB2,407.0 kB [list of files]
mips64el 0.10.15-7+b1 745.3 kB3,062.0 kB [list of files]
ppc64 (unofficial port) 0.10.14-2 735.4 kB2,620.0 kB [list of files]
ppc64el 0.10.15-7+b1 692.6 kB2,304.0 kB [list of files]
riscv64 0.10.15-7+b1 663.5 kB1,496.0 kB [list of files]
sh4 (unofficial port) 0.10.15-4 1,052.2 kB2,782.0 kB [list of files]
sparc64 (unofficial port) 0.10.14-2 770.0 kB2,627.0 kB [list of files]
x32 (unofficial port) 0.10.15-7+b1 817.2 kB2,291.0 kB [list of files]