Package: sga (0.10.15-7 and others)

[ Source: sga  ]

assemblatore de novo di genoma che usa grafi di stringhe

L'obiettivo principale di SGA è di essere molto efficiente in termini di memoria, il che è raggiunto usando una rappresentazione compressa delle letture di sequenze di DNA.

SGA è un assemblatore de novo per letture di sequenze di DNA. È basato sulla formulazione di assemblaggio di grafi di stringhe di Gene Myers e usa l'FM-index/trasformata di Burrows-Wheeler per trovare in maniera efficiente le sovrapposizioni tra letture di sequenze.

Other Packages Related to sga

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  libreria dinamica per manipolare file BAM (allineamento di genoma)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11) [not riscv64]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-pysam

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• dep: python3-ruffus

  libreria per pipeline elaborativa di Python 3 ampiamente usata in bioinformatica

• dep: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

• rec: abyss

  assemblatore di sequenze, parallelo, de novo per letture corte

Download sga

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	0.10.15-7+b1	812.5 kB	2,432.0 kB	[list of files]
arm64	0.10.15-7+b1	580.5 kB	1,792.0 kB	[list of files]
armel	0.10.15-7+b1	564.3 kB	1,727.0 kB	[list of files]
armhf	0.10.15-7+b1	582.9 kB	1,279.0 kB	[list of files]
i386	0.10.15-7+b1	876.3 kB	2,607.0 kB	[list of files]
mips64el	0.10.15-7+b1	745.3 kB	3,062.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.10.15-7+b1	692.6 kB	2,304.0 kB	[list of files]
riscv64	0.10.15-7+b1	663.5 kB	1,496.0 kB	[list of files]