Pacote: sga (0.10.15-7 e outros)

[ Fonte: sga  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Outros pacotes relacionados a sga

• dep: libbamtools2.4.0 [hppa, ppc64, sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: libbamtools2.5.1 [sh4]

  Pacote não disponível

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [não hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.23) [hppa, ppc64, sparc64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, hppa, ia64, loong64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

  Pacote não disponível

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sh4, sparc64]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Pacote não disponível

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [não hppa, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 11) [não alpha, hppa, loong64, ppc64, riscv64, sh4, sparc64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, loong64, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: perl [não hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• dep: python [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: python-pysam [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: python-ruffus [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: python3 [não hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-pysam [não hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-ruffus [não hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: abyss [não sh4]

  montador sequencial, paralelo, de novo para leituras curtas

  rec: abyss (>= 2.0.2-1) [sh4]

• sug: abyss (>= 1.5.2-2)

  montador sequencial, paralelo, de novo para leituras curtas

Download de sga

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	0.10.15-7	755.4 kB	2,753.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	0.10.15-7+b1	812.5 kB	2,432.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	0.10.15-7+b1	580.5 kB	1,792.0 kB	[lista de arquivos]
armel	0.10.15-7+b1	564.3 kB	1,727.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	0.10.15-7+b1	582.9 kB	1,279.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	0.10.14-2	977.9 kB	2,993.0 kB	[lista de arquivos]
i386	0.10.15-7+b1	876.3 kB	2,607.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	0.10.15-7+b1	1,025.2 kB	4,829.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	0.10.15-7	721.9 kB	2,240.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	0.10.15-7+b1	775.3 kB	2,407.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	0.10.15-7+b1	745.3 kB	3,062.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	0.10.14-2	735.4 kB	2,620.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	0.10.15-7+b1	692.6 kB	2,304.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	0.10.15-7+b1	663.5 kB	1,496.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	0.10.15-4	1,052.2 kB	2,782.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	0.10.14-2	770.0 kB	2,627.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	0.10.15-7+b1	817.2 kB	2,291.0 kB	[lista de arquivos]