Paketti: sga (0.10.15-7 ja muut)

[ Source: sga  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Muut pakettiin sga liittyvät paketit

• dep: libbamtools2.4.0 [hppa, ppc64, sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libbamtools2.5.1 [sh4]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [ei hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.23) [hppa, ppc64, sparc64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, arm64, armel, m68k, mips64el, ppc64el, x32]

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [armhf, i386, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

  Paketti ei saatavilla

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sh4, sparc64]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  GCC OpenMP (GOMP) support library

  dep: libgomp1 (>= 6) [ei hppa, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 11) [amd64, arm64, armel, ia64, m68k, mips64el, ppc64el, x32]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, loong64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [armhf, i386, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: perl [ei hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• dep: python [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: python-pysam [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: python-ruffus [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: python3 [ei hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-pysam [ei hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-ruffus [ei hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ei armhf]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armhf]

• rec: abyss [ei sh4]

  de novo, parallel, sequence assembler for short reads

  rec: abyss (>= 2.0.2-1) [sh4]

• sug: abyss (>= 1.5.2-2)

  de novo, parallel, sequence assembler for short reads

Imuroi sga

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	0.10.15-7	755.4 kt	2,753.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	0.10.15-7+b1	812.5 kt	2,432.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	0.10.15-7+b1	580.5 kt	1,792.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	0.10.15-7+b1	564.3 kt	1,727.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	0.10.15-7+b2	608.1 kt	1,342.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	0.10.14-2	977.9 kt	2,993.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	0.10.15-7+b2	939.3 kt	2,758.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	0.10.15-7+b1	1,025.2 kt	4,829.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	0.10.15-7	721.9 kt	2,240.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	0.10.15-7+b1	775.3 kt	2,407.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	0.10.15-7+b1	745.3 kt	3,062.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	0.10.14-2	735.4 kt	2,620.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	0.10.15-7+b1	692.6 kt	2,304.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	0.10.15-7+b2	675.7 kt	1,491.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	0.10.15-4	1,052.2 kt	2,782.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	0.10.14-2	770.0 kt	2,627.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	0.10.15-7+b1	817.2 kt	2,291.0 kt	[tiedostoluettelo]