Paket: sga (0.10.15-7 och andra)

[ Källkod: sga  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Andra paket besläktade med sga

• dep: libbamtools2.4.0 [hppa, ppc64, sparc64]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libbamtools2.5.1 [sh4]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [ej hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.23) [hppa, ppc64, sparc64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, arm64, armel, m68k, mips64el, ppc64el, x32]

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [armhf, i386, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, x32]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

  Paketet inte tillgängligt

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sh4, sparc64]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  GCC OpenMP (GOMP) support library

  dep: libgomp1 (>= 6) [ej hppa, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 11) [amd64, arm64, armel, ia64, m68k, mips64el, ppc64el, x32]

  GNU standardbibliotek v3 för C++

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, loong64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [armhf, i386, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: perl [ej hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• dep: python [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: python-pysam [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: python-ruffus [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: python3 [ej hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-pysam [ej hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-ruffus [ej hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ej armhf]

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armhf]

• rec: abyss [ej sh4]

  de novo, parallel, sequence assembler for short reads

  rec: abyss (>= 2.0.2-1) [sh4]

• sug: abyss (>= 1.5.2-2)

  de novo, parallel, sequence assembler for short reads

Hämta sga

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	0.10.15-7	755,4 kbyte	2.753,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	0.10.15-7+b1	812,5 kbyte	2.432,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	0.10.15-7+b1	580,5 kbyte	1.792,0 kbyte	[filförteckning]
armel	0.10.15-7+b1	564,3 kbyte	1.727,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	0.10.15-7+b2	608,1 kbyte	1.342,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	0.10.14-2	977,9 kbyte	2.993,0 kbyte	[filförteckning]
i386	0.10.15-7+b2	939,3 kbyte	2.758,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	0.10.15-7+b1	1.025,2 kbyte	4.829,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	0.10.15-7	721,9 kbyte	2.240,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	0.10.15-7+b1	775,3 kbyte	2.407,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	0.10.15-7+b1	745,3 kbyte	3.062,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	0.10.14-2	735,4 kbyte	2.620,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	0.10.15-7+b1	692,6 kbyte	2.304,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	0.10.15-7+b2	675,7 kbyte	1.491,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	0.10.15-4	1.052,2 kbyte	2.782,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	0.10.14-2	770,0 kbyte	2.627,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	0.10.15-7+b1	817,2 kbyte	2.291,0 kbyte	[filförteckning]