Paquet : sga (0.10.15-7 et autres)

[ Paquet source : sga  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Autres paquets associés à sga

• dep: libbamtools2.4.0 [hppa, ppc64, sparc64]

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• dep: libbamtools2.5.1 [sh4]

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• dep: libc6 (>= 2.23) [hppa, ppc64, sparc64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, arm64, armel, m68k, mips64el, ppc64el, x32]

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [armhf, i386, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

  Paquet indisponible

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sh4, sparc64]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paquet indisponible

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [non hppa, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 11) [amd64, arm64, armel, ia64, m68k, mips64el, ppc64el, x32]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, loong64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [armhf, i386, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: perl [non hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

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• dep: python-pysam [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

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  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-pysam [non hppa, ppc64, sh4, sparc64]

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• dep: samtools

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  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armhf]

• rec: abyss [non sh4]

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  assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.10.15-7	755,4 ko	2 753,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.10.15-7+b1	812,5 ko	2 432,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.10.15-7+b1	580,5 ko	1 792,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.10.15-7+b1	564,3 ko	1 727,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.10.15-7+b2	608,1 ko	1 342,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.10.14-2	977,9 ko	2 993,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.10.15-7+b2	939,3 ko	2 758,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.10.15-7+b1	1 025,2 ko	4 829,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	0.10.15-7	721,9 ko	2 240,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.10.15-7+b1	775,3 ko	2 407,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.10.15-7+b1	745,3 ko	3 062,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.10.14-2	735,4 ko	2 620,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.10.15-7+b1	692,6 ko	2 304,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.10.15-7+b2	675,7 ko	1 491,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.10.15-4	1 052,2 ko	2 782,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.10.14-2	770,0 ko	2 627,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.10.15-7+b1	817,2 ko	2 291,0 ko	[liste des fichiers]