[ ソース: sga ]
パッケージ: sga (0.10.15-7 など)
de novo genome assembler that uses string graphs
The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.
SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.
その他の sga 関連パッケージ
|
|
|
|
-
- dep: libbamtools2.4.0 [hppa, ppc64, sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: libbamtools2.5.1 [sh4]
- パッケージは利用できません
-
- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [hppa, ppc64, sh4, sparc64 以外]
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
-
- dep: libc6 (>= 2.23) [hppa, ppc64, sparc64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.27) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64 以外]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, x32]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
- dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]
- パッケージは利用できません
- dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sh4, sparc64]
-
- dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]
- パッケージは利用できません
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
- dep: libgomp1 (>= 6) [hppa, ppc64, sh4, sparc64 以外]
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [alpha, hppa, ppc64, riscv64, sh4, sparc64 以外]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, riscv64]
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
-
- dep: perl [hppa, ppc64, sh4, sparc64 以外]
- Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
-
- dep: python [hppa, ppc64, sh4, sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: python-pysam [hppa, ppc64, sh4, sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: python-ruffus [hppa, ppc64, sh4, sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: python3 [hppa, ppc64, sh4, sparc64 以外]
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-pysam [hppa, ppc64, sh4, sparc64 以外]
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: python3-ruffus [hppa, ppc64, sh4, sparc64 以外]
- Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
-
- rec: abyss [sh4 以外]
- de novo, parallel, sequence assembler for short reads
- rec: abyss (>= 2.0.2-1) [sh4]
-
- sug: abyss (>= 1.5.2-2)
- de novo, parallel, sequence assembler for short reads
sga のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 0.10.15-7 | 755.4 kB | 2,753.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 0.10.15-7+b1 | 812.5 kB | 2,432.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 0.10.15-7+b1 | 580.5 kB | 1,792.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 0.10.15-7+b1 | 564.3 kB | 1,727.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 0.10.15-7+b1 | 582.9 kB | 1,279.0 kB | [ファイル一覧] |
| hppa (非公式の移植版) | 0.10.14-2 | 977.9 kB | 2,993.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 0.10.15-7+b1 | 876.3 kB | 2,607.0 kB | [ファイル一覧] |
| ia64 (非公式の移植版) | 0.10.15-7+b1 | 1,025.2 kB | 4,829.0 kB | [ファイル一覧] |
| m68k (非公式の移植版) | 0.10.15-7+b1 | 775.3 kB | 2,407.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 0.10.15-7+b1 | 745.3 kB | 3,062.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 0.10.14-2 | 735.4 kB | 2,620.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 0.10.15-7+b1 | 692.6 kB | 2,304.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 0.10.15-7+b1 | 663.5 kB | 1,496.0 kB | [ファイル一覧] |
| sh4 (非公式の移植版) | 0.10.15-4 | 1,052.2 kB | 2,782.0 kB | [ファイル一覧] |
| sparc64 (非公式の移植版) | 0.10.14-2 | 770.0 kB | 2,627.0 kB | [ファイル一覧] |
| x32 (非公式の移植版) | 0.10.15-7+b1 | 817.2 kB | 2,291.0 kB | [ファイル一覧] |