[ Source: debian-med ]
Package: med-bio (3.7)
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- insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
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- insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
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- pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale
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- pacchetto per ecologia delle comunità per R
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- Allele-Specific Copy Number Analysis of Tumours
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- pacchetto GNU R per mappatura fine di malattie complesse
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- Read Assignment Method Based On K-mers
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- visualizza macromolecole biologiche
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- strumenti per generare immagini di proteine o di altre molecole
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- rilevatore di siti amminoacidici conservati
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- de novo genome assemblies of next-gen sequencing data
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- extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s
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- lettura e scrittura di sequenze RDP (Ribosomal Database Project)
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- Nanopore read de-multiplexer (read demux -> readux -> readucks, innit)
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- strumento universale per valutazione di assemblaggi genomici
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- disegno della distanza genetica per analisi di eventi di ricombinazione
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- toolkit per ricostruzioni 3D in microscopia crio-elettronica
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- toolkit parallelo per ricostruzioni 3D in microscopia crio-elettronica
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- trova famiglie di ripetizioni in sequenze biologiche
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- strumento per predire struttura secondaria e accessibilità di proteine
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- identifica geni acquisiti di resistenza agli antimicrobici
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- allineatore universale e ultraveloce di sequenziamento di RNA
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- predizione veloce ed efficace di doppiette microRNA/obiettivo
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- catena di strumenti autonoma ad alta velocità per pan-genomi
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- algoritmo versatile e scalabile per identificazione di taxa sconosciuti
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- RNA-Seq tramite Expectation-Maximization
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- classificazione di letture di sequenze di geni per RNA ribosomiale 16S
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- strumento GUI per eseguire Circos
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- Significance Analysis of INTeractome - analisi di significato di interactomi
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- identificatore rapido di Salmonella basato su k-meri da dati di sequenza
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- wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data
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- strumenti per lavorare con dati SAM/BAM
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- rec: samblaster
- marks duplicates, extracts discordant/split reads
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- rec: samclip
- filter SAM file for soft and hard clipped alignments
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- rec: samtools
- elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
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- rec: scoary
- studi di associazione per intero pangenoma
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- basecaller for Nanopore sequencer
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- rec: scrm
- simulatore di evoluzione di sequenze genetiche
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- strumento bayesiano di taglio di adattatori per letture di sequenze
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- interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia
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- analisi di arricchimento di elementi di sequenze genomiche (k-meri)
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- mappatura di letture corte con gap
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- phylogeny with ensembles of Hidden Markov Models
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- libreria C++ per l'analisi di sequenze biologiche
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- toolkit multipiattaforma e ultraveloce per manipolazione di file FASTA/Q
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- rec: seqmagick
- interfaccia simile a imagemagick per Biopython SeqIO
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- rimozione di adattatori e/o unione di letture accoppiate di sequenze di DNA con sovrapposizioni
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- serotipizzazione di Salmonella da dati di sequenziamento del genoma
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- strumento veloce e leggero per elaborare sequenze in formato FASTA o FASTQ
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- assemblatore de novo di genoma che usa grafi di stringhe
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- rec: shasta
- nanopore whole genome assembly (binaries and scripts)
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- assemblaggio di genomi di isolati batterici da letture Illumina a terminali accoppiati
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- strumento per genomica comparativa
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- allinea sequenze RNA espresse su un modello DNA
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- rec: sickle
- windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality
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- semplici allineamenti multipli "greedy" di sequenze di DNA non codificante
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- strumento per allineare cDNA e DNA genomico
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- batch spliced alignment of cDNA sequences to a target genome
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- metodo metagenomico comparativo dedicato a insiemi di dati NGS
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- metodo metagenomico comparativo approssimato dedicato a insiemi di dati NGS
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- strategic Kmer extension for scrupulous assemblies
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- post-processing of high-throughput DNA sequence reads
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- strumento per mappatura e allineamento di sequenze
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- determina regioni simili tra due stringhe o sequenze genomiche
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- suite software per sequenziamento in tempo reale di molecole singole
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- posizione di geni da sequenze di DNA con modelli di Markov nascosti
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- programma scalabile per allineamento di nucleotidi
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- strumento per identificare varianti strutturali usando sequenziamento di terza generazione
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- codice binario per il pacchetto snp-sites
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- software per mappatura di letture corte veloce e stringente
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- allineatore di letture corte di sequenziatori di prossima generazione
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- metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
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- metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
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- utilità di risequenziamento che può assemblare sequenze di consenso di genomi
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- rec: sortmerna
- strumento per filtraggio, mappatura e scelta di OTU per letture NGS
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- alignment-free sequence comparison using spaced words
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- assemblatore di genomi per singola-cellula e insiemi di dati di isolati
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- splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA
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- SIMD partial order alignment tool
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- single-pass sequencing read accuracy improver
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- analizza e visualizza ricostruzioni filogeografiche
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- utilità per Sequence Read Archive di NCBI
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- scaffolding pre-assembled contigs after extension
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- Smith-Waterman aligner based on libssw
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- pipeline for building loci from short-read DNA sequences
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- strumenti per assemblaggio (Gap4/Gap5), modifica e analisi di sequenze di DNA
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- programmi per manipolare file di sequenziamento del DNA
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- Phylogenetic Tree Summarization and Annotation
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- assegnazione supervisionata di ranghi ai contig in assemblaggi de novo
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- insieme di strumenti per simulare/valutare SV
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- Structural variant caller for long sequencing reads
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- metodo robusto e veloce per raggruppamento in cluster per studi basati su ampliconi
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- rec: sweed
- valutazione degli SNP per il loro vantaggio evoluzionistico
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- allineamento di sequenze multiple
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- indicizzatore generico per file di posizioni del genoma delimitate da TAB
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- test di effetti di aplotipi in studi di associazione
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- structural variant calling
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- rilevamento di geni in archibatteri e batteri
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- allineamento strutturale di proteine
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- statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions
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- rec: toil
- motore per flusso di lavoro multipiattaforma
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- identificazione di nucleotidi modificati da dati grezzi di sequenziamento Nanopore
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- post-processore per letture di TopHat non mappate
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- insieme di programmi che implementano TOPP (The OpenMS Proteomic Pipeline)
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- predizione della topologia transmembrana
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- trova terminatori di trascrizione indipendenti da rho in genomi batterici
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- ricostruzione di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
- or tree-ppuzzle
- ricostruzione in parallelo di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
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- re-implementazione in Java di TreeView di Michael Eisen
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- localizza e visualizza ripetizioni tandem in sequenze di DNA
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- strumento flessibile per il taglio di letture per i dati NGS di Illumina
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- strumento per identificare varianti per le piattaforme di sequenziamento Ion Torrent
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- algoritmo a correzione di errore progettato per letture corte per NGS
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- Uniform Manifold Approximation and Projection
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- sug: bcbio
- toolkit for analysing high-throughput sequencing data
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- blocks database improved searcher
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- maintenance of DNA sequence assemblies
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Reimplementation of the Eisen-clustering software
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- Package not available
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- Package not available
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- creazione ed estrazione di pacchetti conda in vari formati
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
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- Package not available
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- sug: dascrubber
- alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads
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- Package not available
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- sug: deepbinner
- Package not available
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- sug: dendroscope
- Package not available
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- sug: dnapi
- previsione di adattatori per sequenziamento di piccoli RNA - utilità
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- Package not available
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- sug: ecell
- Package not available
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- Package not available
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- GUI basata su web per EMBOSS
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- Package not available
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- Package not available
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- sug: epigrass
- strumento scientifico di simulazione/analisi per scenari epidemiologici in rete
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- sug: estferret
- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- gestione di database esterni
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- tools biological sequences: bam-filter, count-reads, vcf-check
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- Package not available
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- Benchmark generator for the IDseq Portal
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- Integrative Genomics Viewer
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- HDF5 - file di sviluppo - versione seriale
-
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- fast approximate nearest neighbor search
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- sug: manta
- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- sug: maude
- infrastruttura logica ad alte prestazioni
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
-
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- strumento di predizione di termini Gene Ontology da sequenze proteiche - file dei dati
-
- sug: metastudent-data-2
- strumento di predizione di termini Gene Ontology da sequenze proteiche - dati n.2
-
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- Package not available
-
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- sug: molekel
- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
-
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
-
- sug: patristic
- Package not available
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- Package not available
-
- sug: pfaat
- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
-
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- sug: pigx-scrnaseq
- Package not available
-
- sug: pipasic
- Package not available
-
- sug: plato
- Package not available
-
- sug: pomoxis
- Package not available
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- sug: profit
- Package not available
-
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- Package not available
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- sug: prot4est
- Package not available
-
- sug: psipred
- Package not available
-
- sug: pssh2
- Package not available
-
- sug: pufferfish
- Package not available
-
- sug: purple
- Package not available
-
- sug: pyrophosphate-tools
- Package not available
-
- sug: python3-alignlib
- distanze di edit e di Hamming per sequenze biologiche
-
- sug: python3-anndata
- annotated gene by sample numpy matrix
-
- sug: python3-cgecore
- modulo Python 3 per il Center for Genomic Epidemiology
-
- sug: python3-cogent
- Package not available
-
- sug: python3-cyvcf2
- VCF parser based on htslib (Python 3)
-
- sug: python3-deeptools
- platform for exploring biological deep-sequencing data
-
- sug: python3-deeptoolsintervals
- handlig GTF-like sequence-associated interal-annotation
-
- sug: python3-emperor
- Package not available
-
- sug: python3-htseq
- utilità per analizzare letture di sequenziamento ad alta efficienza del genoma per Python 3
-
- sug: python3-intake
- Package not available
-
- sug: python3-loompy
- Package not available
-
- sug: python3-nanoget
- extract information from Oxford Nanopore sequencing data and alignments
-
- sug: python3-nanomath
- simple math function for other Oxford Nanopore processing scripts
-
- sug: python3-ncls
- datastructure for interval overlap queries
-
- sug: python3-orange
- Package not available
-
- sug: python3-py2bit
- access to 2bit files
-
- sug: python3-pybel
- linguaggio per espressioni biologiche
-
- sug: python3-pychopper
- identify, orient and trim full-length Nanopore cDNA reads
-
- sug: python3-pyfaidx
- accesso casuale efficiente per sottosequenze FASTA in Python 3
-
- sug: python3-pyflow
- leggero motore per compiti paralleli per Python
-
- sug: python3-pyranges
- rappresentazione 2D di intervalli genomici e delle loro annotazioni
-
- sug: python3-pyrle
- run length arithmetic in Python
-
- sug: python3-pysam
- interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)
-
- sug: python3-tinyalign
- rappresentazione numerica delle differenze tra stringhe
-
- sug: q2-alignment
- plugin di QIIME 2 per generare e manipolare allineamenti
-
- sug: q2-composition
- Package not available
-
- sug: q2-cutadapt
- plugin QIIME 2 per lavorare con adattatori in dati di sequenze
-
- sug: q2-dada2
- plugin QIIME 2 per lavorare con adattatori in dati di sequenze
-
- sug: q2-deblur
- Package not available
-
- sug: q2-demux
- plugin QIIME 2 fare il demultiplexing delle letture di sequenze
-
- sug: q2-diversity
- Package not available
-
- sug: q2-emperor
- Package not available
-
- sug: q2-feature-classifier
- plugin QIIME 2 per gestione di classificazione tassonomica
-
- sug: q2-feature-table
- plugin QIIME 2 per gestione di operazioni su tabelle di caratteristiche
-
- sug: q2-fragment-insertion
- Package not available
-
- sug: q2-gneiss
- Package not available
-
- sug: q2-longitudinal
- Package not available
-
- sug: q2-metadata
- plugin per QIIME 2 per lavorare con Metadati e visualizzarli
-
- sug: q2-phylogeny
- Package not available
-
- sug: q2-quality-control
- plugin QIIME 2 per controllo qualità di dati di caratteristiche e sequenze
-
- sug: q2-quality-filter
- plugin QIIME 2 per filtraggio e taglio basato su PHRED
-
- sug: q2-sample-classifier
- plugin QIIME 2 per la predizione con apprendimento macchina di dati campionari
-
- sug: q2-taxa
- plugin QIIME 2 per lavorare con annotazioni tassonomiche di caratteristiche
-
- sug: q2-types
- plugin QIIME 2 che definisce tipi per analisi di microbioma
-
- sug: q2-vsearch
- Package not available
-
- sug: q2cli
- interfaccia a riga di comando basata su clic per QIIME 2
-
- sug: q2templates
- pacchetto per modello di struttura per plugin QIIME 2
-
- sug: qtlcart
- Package not available
-
- sug: qtlreaper
- Package not available
-
- sug: qualimap
- Package not available
-
- sug: quast
- Package not available
-
- sug: r-bioc-annotationhub
- client GNU R per accedere a risorse AnnotationHug
-
- sug: r-bioc-aroma.light
- BioConductor methods normalization and visualization of microarray data
-
- sug: r-bioc-beachmat
- I/O for several formats storing matrix data
-
- sug: r-bioc-biocneighbors
- Nearest Neighbor Detection for Bioconductor Packages
-
- sug: r-bioc-biocsingular
- decomposizione ai valori singolari per pacchetti Bioconductor
-
- sug: r-bioc-ctc
- conversione di cluster e alberi (Cluster and Tree Conversion)
-
- sug: r-bioc-dnacopy
- R package: DNA copy number data analysis
-
- sug: r-bioc-ensembldb
- utilità per GNU R per creare e usare un database di annotazioni basato su Ensembl
-
- sug: r-bioc-experimenthub
- BioConductor client to access ExperimentHub resources
-
- sug: r-bioc-geneplotter
- pacchetto R di funzioni per disegnare dati genomici
-
- sug: r-bioc-genomicalignments
- rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor
-
- sug: r-bioc-genomicfiles
- Distributed computing by file or by range
-
- sug: r-bioc-genomicranges
- rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor
-
- sug: r-bioc-go.db
- annotation maps describing the entire Gene Ontology
-
- sug: r-bioc-grohmm
- GRO-seq Analysis Pipeline
-
- sug: r-bioc-gviz
- disegno di dati e informazioni di annotazioni vicino a coordinate genomiche
-
- sug: r-bioc-org.ce.eg.db
- Package not available
-
- sug: r-bioc-org.hs.eg.db
- annotazioni a livello di tutto genoma per l'Uomo
-
- sug: r-bioc-org.mm.eg.db
- Package not available
-
- sug: r-bioc-org.rn.eg.db
- Package not available
-
- sug: r-bioc-qusage
- qusage: Quantitative Set Analysis for Gene Expression
-
- sug: r-bioc-savr
- analisi di file SAV di Illumina per GNU R
-
- sug: r-bioc-singlecellexperiment
- S4 Classes for Single Cell Data
-
- sug: r-bioc-structuralvariantannotation
- Package not available
-
- sug: r-bioc-tximport
- transcript-level estimates for biological sequencing
-
- sug: r-cran-amap
- un altro pacchetto di analisi multidimensionale
-
- sug: r-cran-biwt
- biweight mean vector and covariance and correlation
-
- sug: r-cran-boolnet
- assemblaggio, analisi e visualizzazione di reti booleane
-
- sug: r-cran-corrplot
- visualizzazione di una matrice di correlazione
-
- sug: r-cran-drinsight
- Package not available
-
- sug: r-cran-dynamictreecut
- Methods for Detection of Clusters in Hierarchical Clustering
-
- sug: r-cran-epir
- funzioni GNU R per analisi di dati epidemiologici
-
- sug: r-cran-fitdistrplus
- support fit of parametric distribution
-
- sug: r-cran-forecast
- GNU R forecasting functions for time series and linear models
-
- sug: r-cran-gprofiler
- Interface to the 'g:Profiler' Toolkit
-
- sug: r-cran-minerva
- Maximal Information-Based Nonparametric Exploration
-
- sug: r-cran-optimalcutpoints
- calcolo dei punti di cut-off ottimali in test diagnostici
-
- sug: r-cran-parmigene
- Parallel Mutual Information to establish Gene Networks
-
- sug: r-cran-pheatmap
- pacchetto GNU R per creare belle mappe di calore
-
- sug: r-cran-qqman
- pacchetto R per visualizzare i risultati di GWAS usando grafi Q-Q e Manhattan
-
- sug: r-cran-rcpphnsw
- R bindings for a Library for Approximate Nearest Neighbors
-
- sug: r-cran-rentrez
- interfaccia GNU R all'API EUtils di NCBI
-
- sug: r-cran-rsgcc
- Gini correlation and clustering of gene expression data
-
- sug: r-cran-sctransform
- Variance Stabilizing Transformations for Single Cell UMI Data
-
- sug: r-other-apmswapp
- Package not available
-
- sug: r-other-fastbaps
- Package not available
-
- sug: raccoon
- Package not available
-
- sug: raxml-ng
- Package not available
-
- sug: rbs-finder
- Package not available
-
- sug: relion-cuda
- parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy
-
- sug: relion-gui-cuda
- parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy
-
- sug: repeatmasker
- Package not available
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- il database di ResFinder è un database curato di geni acquisiti di resistenza
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- sug: rose
- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- sug: science-workflow
- sistemi di gestione dei flussi di lavoro per ricerca scientifica
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- simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences
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- Package not available
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- sug: seqcluster
- analysis of small RNA in NGS data
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- Package not available
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- Package not available
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- predicts if a substitution in a protein has a phenotypic effect
-
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- arranges water molecules around protein structures
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- sug: tacg
- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- sug: tetra
- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- sug: tophat
- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- detection of transfer RNA genes in genomic sequence
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- Package not available
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- Package not available
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- toolkit integrato per bioinformatica
-
- sug: umap
- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- variant detection in next-generation sequencing data
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- framework for post-analysis of B/T cell repertoires
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- RNA sequence analysis
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- Package not available
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- sug: vmd
- Package not available
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- Package not available
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- sug: zodiac-zeden
- Package not available
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