analisi integrata di letture RNA-Seq
CRAC è uno strumento per analizzare dati da HTS (High Throughput
Sequencing) in confronto a un genoma di riferimento. È pensato per letture
di sequenziamento genomico e trascrittomico. Più precisamente, con letture
trascrittomiche come input, predice mutazioni puntuali, indel, giunzioni di
splice e RNA chimerici (cioè giunzioni di splice non collineari). CRAC può
anche emettere in output posizioni e natura di errori di sequenze che
rileva nelle letture. CRAC usa un indice del genoma. Questo indice deve
essere calcolato prima di eseguire l'analisi della lettura. Per questo
scopo, usare il comando "crac-index" sui file del genoma. Si può poi
elaborare le letture usando il comando crac. Consultare la pagina man di
CRAC (file della guida) scrivendo "man crac". CRAC richiede grandi quantità
di memoria principale nel computer. Per elaborazioni del genoma umano,
circa 50 milioni di letture di 100 nucleotidi ciascuna, CRAC richiede circa
40 gigabyte di memoria principale. Verificare che il sistema del server di
calcolo in uso sia equipaggiato con sufficiente quantità di memoria prima
di lanciare un'analisi.
