Package: r-cran-alakazam (1.1.0-1)

[ Source: r-cran-alakazam  ]

analisi di linee clonali e diversità per immunoglobuline

Alakazam fa parte dell'infrastruttura di analisi Immcantation per AIRR-seq (Adaptive Immune Receptor Repertoire sequencing) e fornisce un insieme di strumenti per investigare linee clonali, diversità, uso di geni e altre proprietà a livello di repertorio dei recettori di linfociti, con particolare attenzione al sequenziamento ad alte prestazioni di immunoglobuline (Ig).

Alakazam ha 5 scopi principali:

 * Fornire funzionalità di base per altri pacchetti R nell'infrastruttura
   Immcantation. Ciò include compiti comuni come I/O su file, manipolazione
   di base di sequenze di DNA e interazione con segmenti V(D)J e annotazioni
   di geni.
 * Fornire un'interfaccia R per interagire con l'output delle suite di
   strumenti pRESTO e Change-O.
 * Effettuare ricostruzioni di linee su popolazioni clonali di sequenze di
   Ig e analizzare la topologia degli alberi delle linee risultanti.
 * Effettuare analisi di abbondanza e diversità clonali su repertori
   linfocitari.
 * Effettuare analisi di proprietà fisico-chimiche delle sequenze dei
   recettori linfocitari.

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