Package: parsnp (1.5.4+dfsg-1)
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- Homepage [harvest.readthedocs.org]
Similar packages:
allineamenti multipli rapidi del genoma fondamentale
Parsnp è stato progettato per allineare il genoma fondamentale da centinaia a migliaia di genomi batterici entro pochi minuti o poche ore. L'input può essere sia assemblaggi in bozza, sia genomi finiti, e l'output include identificazione di varianti (SNP), filogenia del genoma fondamentale e allineamenti multipli. Parsnp sfrutta le informazioni contestuali fornite dagli allineamenti multipli intorno ai siti SNP per filtraggio/pulizia, in aggiunta agli strumenti esistenti per rilevamento/filtraggio di ricombinazioni e ricostruzione filogenetica.
Other Packages Related to parsnp
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- dep: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
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- dep: harvest-tools
- archiviazione e post-elaborazione per allineamenti multipli genomici con riferimenti compressi
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- dep: libc6 (>= 2.27)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)
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- dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)
- libreria per allineamenti multipli di sequenze proteiche
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- dep: mummer
- Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi
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- dep: phipack
- test PHI e altri test di ricombinazione
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- dep: python3
- linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)
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- dep: python3-numpy
- veloce struttura per array per il linguaggio Python 3
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- dep: raxml
- RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) di alberi filogenetici
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- rec: python3-dendropy
- libreria di calcolo filogenetico DendroPy (Python 3)
Download parsnp
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
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mips64el | 185.0 kB | 1,927.0 kB | [list of files] |